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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ac6 | ||||||||||||
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タイトル | Nudaurelia capensis omega virus maturation intermediate captured at pH5.6 (insect cell expressed VLPs): medium class from symmetry expansion | ||||||||||||
要素 | p70 | ||||||||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / ICOSAHEDRAL VIRUS / AUTO-CATALYTIC CLEAVAGE / VIRUS MATURATION / VIRUS-LIKE PARTICLE | ||||||||||||
機能・相同性 | Peptidase N2 / Peptidase family A21 / Viral coat protein subunit / p70 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Castells-Graells, R. / Hesketh, E.L. / Johnson, J.E. / Ranson, N.A. / Lawson, D.M. / Lomonossoff, G.P. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Decoding virus maturation with cryo-EM structures of intermediates 著者: Castells-Graells, R. / Hesketh, E.L. / Johnson, J.E. / Ranson, N.A. / Lawson, D.M. / Lomonossoff, G.P. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ac6.cif.gz | 364.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ac6.ent.gz | 299.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ac6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ac6_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ac6_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ac6_validation.xml.gz | 77.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ac6_validation.cif.gz | 114.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/8ac6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/8ac6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69891.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス) Cell (発現宿主): Sf21 cell line 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q4TVS9 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Nudaurelia capensis omega virus / タイプ: VIRUS / 詳細: expressed in Spodoptera frugiperda Sf21 cells / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 16.76 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 細胞: Sf21 |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
天然宿主 | 生物種: Gonimbrasia cytherea |
ウイルス殻 | 名称: coat / 直径: 425 nm / 三角数 (T数): 4 |
緩衝液 | pH: 5.6 / 詳細: NULL |
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: NULL |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 49.1 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 16478 詳細: Reconstructed from 2 datasets collected at doses of 48.7 and 50.4 electrons per Angstrom squared, respectively. The average of these two values is given. |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: NULL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 264917 詳細: Particles from an I1 icosahedral consensus map (EMD-15266) were symmetry expanded to C1 and further 3D classified without alignment using a soft mask covering the icosahedral asymmetric unit. ...詳細: Particles from an I1 icosahedral consensus map (EMD-15266) were symmetry expanded to C1 and further 3D classified without alignment using a soft mask covering the icosahedral asymmetric unit. The particles for this class were randomly split into half sets for the subsequent reconstruction and postprocessing steps. Note that the symmetry expansion step generates a 60-fold larger particle stack. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 126 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 8AAY Accession code: 8AAY / Source name: PDB / タイプ: experimental model |