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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a8u | ||||||||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis ClpC1 hexamer structure | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE / hexamer / tuberculosis / drug target / protein quality control | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein folding chaperone / peptidoglycan-based cell wall / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Felix, J. / Fraga, H. / Gragera, M. / Bueno, T. / Weinhaeupl, K. | ||||||||||||
資金援助 | European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022 タイトル: Structure of the drug target ClpC1 unfoldase in action provides insights on antibiotic mechanism of action. 著者: Katharina Weinhäupl / Marcos Gragera / M Teresa Bueno-Carrasco / Rocío Arranz / Olga Krandor / Tatos Akopian / Raquel Soares / Eric Rubin / Jan Felix / Hugo Fraga / 要旨: The unfoldase ClpC1 is one of the most exciting drug targets against tuberculosis. This AAA+ unfoldase works in cooperation with the ClpP1P2 protease and is the target of at least four natural ...The unfoldase ClpC1 is one of the most exciting drug targets against tuberculosis. This AAA+ unfoldase works in cooperation with the ClpP1P2 protease and is the target of at least four natural product antibiotics: cyclomarin, ecumicin, lassomycin, and rufomycin. Although these molecules are promising starting points for drug development, their mechanisms of action remain largely unknown. Taking advantage of a middle domain mutant, we determined the first structure of Mycobacterium tuberculosis ClpC1 in its apo, cyclomarin-, and ecumicin-bound states via cryo-EM. The obtained structure displays features observed in other members of the AAA+ family and provides a map for further drug development. While the apo and cyclomarin-bound structures are indistinguishable and have N-terminal domains that are invisible in their respective EM maps, around half of the ecumicin-bound ClpC1 particles display three of their six N-terminal domains in an extended conformation. Our structural observations suggest a mechanism where ecumicin functions by mimicking substrate binding, leading to ATPase activation and changes in protein degradation profile. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a8u.cif.gz | 610.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8a8u.ent.gz | 491.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8a8u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8a8u_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8a8u_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8a8u_validation.xml.gz | 109.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8a8u_validation.cif.gz | 163 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/8a8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/8a8u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15240MC 8a8vC 8a8wC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 94758.695 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: clpC1, Rv3596c, MTCY07H7B.26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WPC9, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1975.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The actual sequence of the peptide is unknown. 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | ChemComp-ADP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Apo form of Mycobacterium tuberculosis ClpC1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.567 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Hepes pH 7.4 50 mM, NaCl 100 mM, 10 mM MgCl2, ATP 1mM |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 3100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 平均露光時間: 40 sec. / 電子線照射量: 34.3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66564 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 詳細: Initial model source is a trimmed AlphaFold model for Mycobacterium tuberculosis ClpC1 (https://alphafold.ebi.ac.uk/entry/P9WPC8). | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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