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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a6l | ||||||
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タイトル | Human 4F2hc-LAT2 heterodimeric amino acid transporter in complex with anticalin D11vs | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / complex / 4F2hc / LAT2 / anticalin | ||||||
機能・相同性 | ![]() proline transmembrane transport / glycine transmembrane transporter activity / organic cation transmembrane transporter activity / glycine transport / thyroid hormone transmembrane transporter activity / amino acid import across plasma membrane / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / L-amino acid transmembrane transporter activity ...proline transmembrane transport / glycine transmembrane transporter activity / organic cation transmembrane transporter activity / glycine transport / thyroid hormone transmembrane transporter activity / amino acid import across plasma membrane / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / L-amino acid transmembrane transporter activity / valine transport / amino acid transmembrane transport / L-leucine transmembrane transporter activity / L-leucine transport / thyroid hormone transport / toxin transmembrane transporter activity / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / antiporter activity / Basigin interactions / microvillus membrane / amino acid transport / tryptophan transport / transport across blood-brain barrier / basal plasma membrane / peptide antigen binding / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å | ||||||
![]() | Jeckelmann, J.M. / Fotiadis, D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the human heterodimeric transporter 4F2hc-LAT2 in complex with Anticalin, an alternative binding protein for applications in single-particle cryo-EM. 著者: Jean-Marc Jeckelmann / Thomas Lemmin / Martin Schlapschy / Arne Skerra / Dimitrios Fotiadis / ![]() ![]() 要旨: Cryo-EM structure determination of relatively small and flexible membrane proteins at high resolution is challenging. Increasing the size and structural features by binding of high affinity proteins ...Cryo-EM structure determination of relatively small and flexible membrane proteins at high resolution is challenging. Increasing the size and structural features by binding of high affinity proteins to the biomolecular target allows for better particle alignment and may result in structural models of higher resolution and quality. Anticalins are alternative binding proteins to antibodies, which are based on the lipocalin scaffold and show potential for theranostic applications. The human heterodimeric amino acid transporter 4F2hc-LAT2 is a membrane protein complex that mediates transport of certain amino acids and derivatives thereof across the plasma membrane. Here, we present and discuss the cryo-EM structure of human 4F2hc-LAT2 in complex with the anticalin D11vs at 3.2 Å resolution. Relative high local map resolution (2.8-3.0 Å) in the LAT2 substrate binding site together with molecular dynamics simulations indicated the presence of fixed water molecules potentially involved in shaping and stabilizing this region. Finally, the presented work expands the application portfolio of anticalins and widens the toolset of binding proteins to promote high-resolution structure solution by single-particle cryo-EM. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 362 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 296.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 15210MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60063.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 60121.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||
#3: タンパク質 | 分子量: 21327.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
#4: 糖 | ChemComp-NAG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Heterodimeric amino acid transporter 4F2hc-LAT2 in complex with anticalin D11vs タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.15 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 552926 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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