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万見
- PDB-8a6l: Human 4F2hc-LAT2 heterodimeric amino acid transporter in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a6l
タイトルHuman 4F2hc-LAT2 heterodimeric amino acid transporter in complex with anticalin D11vs
要素
  • 4F2hc cell-surface antigen heavy chain
  • Anticalin D11vs
  • Large neutral amino acids transporter small subunit 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / complex / 4F2hc / LAT2 / anticalin
機能・相同性
機能・相同性情報


proline transmembrane transport / glycine transmembrane transporter activity / organic cation transmembrane transporter activity / glycine transport / thyroid hormone transmembrane transporter activity / amino acid import across plasma membrane / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / L-amino acid transmembrane transporter activity ...proline transmembrane transport / glycine transmembrane transporter activity / organic cation transmembrane transporter activity / glycine transport / thyroid hormone transmembrane transporter activity / amino acid import across plasma membrane / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / L-amino acid transmembrane transporter activity / valine transport / amino acid transmembrane transport / L-leucine transmembrane transporter activity / L-leucine transport / thyroid hormone transport / toxin transmembrane transporter activity / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / antiporter activity / Basigin interactions / microvillus membrane / amino acid transport / tryptophan transport / transport across blood-brain barrier / basal plasma membrane / peptide antigen binding / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
L-type amino acid transporter / : / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
Large neutral amino acids transporter small subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Jeckelmann, J.M. / Fotiadis, D.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationNCCR Transcure スイス
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Structure of the human heterodimeric transporter 4F2hc-LAT2 in complex with Anticalin, an alternative binding protein for applications in single-particle cryo-EM.
著者: Jean-Marc Jeckelmann / Thomas Lemmin / Martin Schlapschy / Arne Skerra / Dimitrios Fotiadis /
要旨: Cryo-EM structure determination of relatively small and flexible membrane proteins at high resolution is challenging. Increasing the size and structural features by binding of high affinity proteins ...Cryo-EM structure determination of relatively small and flexible membrane proteins at high resolution is challenging. Increasing the size and structural features by binding of high affinity proteins to the biomolecular target allows for better particle alignment and may result in structural models of higher resolution and quality. Anticalins are alternative binding proteins to antibodies, which are based on the lipocalin scaffold and show potential for theranostic applications. The human heterodimeric amino acid transporter 4F2hc-LAT2 is a membrane protein complex that mediates transport of certain amino acids and derivatives thereof across the plasma membrane. Here, we present and discuss the cryo-EM structure of human 4F2hc-LAT2 in complex with the anticalin D11vs at 3.2 Å resolution. Relative high local map resolution (2.8-3.0 Å) in the LAT2 substrate binding site together with molecular dynamics simulations indicated the presence of fixed water molecules potentially involved in shaping and stabilizing this region. Finally, the presented work expands the application portfolio of anticalins and widens the toolset of binding proteins to promote high-resolution structure solution by single-particle cryo-EM.
履歴
登録2022年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4F2hc cell-surface antigen heavy chain
B: Large neutral amino acids transporter small subunit 2
C: Anticalin D11vs
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,3977
ポリマ－141,5123
非ポリマー8854
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 4F2hc cell-surface antigen heavy chain


分子量: 60063.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
#2: タンパク質 Large neutral amino acids transporter small subunit 2 / L-type amino acid transporter 2 / hLAT2 / Solute carrier family 7 member 8


分子量: 60121.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC7A8, LAT2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9UHI5
#3: タンパク質 Anticalin D11vs


分子量: 21327.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Heterodimeric amino acid transporter 4F2hc-LAT2 in complex with anticalin D11vs
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.15 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Komagataella pastoris (菌類) / 株: KM71H
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMBis-Tris-propane1
2150 mMNaCl1
30.02 %GDN1
41 %glycerol1
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2SerialEM3.8画像取得
4CTFFIND4.1.14CTF補正
7UCSF ChimeraX1.3モデルフィッティング
10cryoSPARC3.3最終オイラー角割当
11cryoSPARC3.3分類
12cryoSPARC3.3３次元再構成
13cryoSPARC3.3モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 552926 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0058692
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.60711832
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.3193095
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421355
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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