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- PDB-8a5t: Capsid structure of the L-A helper virus from native viral communities -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a5t
タイトルCapsid structure of the L-A helper virus from native viral communities
要素Major capsid protein
キーワードVIRUS / Capsid structure ScVLA / viral particle / wildtype / endogenous
機能・相同性Major coat protein, L-A virus / L-A virus major coat protein superfamily / L-A virus, major coat protein / viral capsid / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å
データ登録者Schmidt, L. / Tueting, C. / Stubbs, M.T. / Kastritis, P.L.
資金援助 ドイツ, European Union, 5件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research03Z22HN23 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research03Z22HI2 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research03COV04 ドイツ
German Research Foundation (DFG)391498659 ドイツ
European Regional Development FundEFRE: ZS/2016/04/78115European Union
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Delineating organizational principles of the endogenous L-A virus by cryo-EM and computational analysis of native cell extracts.
著者: Lisa Schmidt / Christian Tüting / Fotis L Kyrilis / Farzad Hamdi / Dmitry A Semchonok / Gerd Hause / Annette Meister / Christian Ihling / Milton T Stubbs / Andrea Sinz / Panagiotis L Kastritis /
要旨: The high abundance of most viruses in infected host cells benefits their structural characterization. However, endogenous viruses are present in low copy numbers and are therefore challenging to ...The high abundance of most viruses in infected host cells benefits their structural characterization. However, endogenous viruses are present in low copy numbers and are therefore challenging to investigate. Here, we retrieve cell extracts enriched with an endogenous virus, the yeast L-A virus. The determined cryo-EM structure discloses capsid-stabilizing cation-π stacking, widespread across viruses and within the Totiviridae, and an interplay of non-covalent interactions from ten distinct capsomere interfaces. The capsid-embedded mRNA decapping active site trench is supported by a constricting movement of two flexible opposite-facing loops. tRNA-loaded polysomes and other biomacromolecules, presumably mRNA, are found in virus proximity within the cell extract. Mature viruses participate in larger viral communities resembling their rare in-cell equivalents in terms of size, composition, and inter-virus distances. Our results collectively describe a 3D-architecture of a viral milieu, opening the door to cell-extract-based high-resolution structural virology.
#1: ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Delineating organizational principles of the endogenous L-A virus by cryo-EM and computational analysis of native cell extracts.
著者: Lisa Schmidt / Christian Tüting / Fotis L Kyrilis / Farzad Hamdi / Dmitry A Semchonok / Gerd Hause / Annette Meister / Christian Ihling / Milton T Stubbs / Andrea Sinz / Panagiotis L Kastritis /
要旨: The high abundance of most viruses in infected host cells benefits their structural characterization. However, endogenous viruses are present in low copy numbers and are therefore challenging to ...The high abundance of most viruses in infected host cells benefits their structural characterization. However, endogenous viruses are present in low copy numbers and are therefore challenging to investigate. Here, we retrieve cell extracts enriched with an endogenous virus, the yeast L-A virus. The determined cryo-EM structure discloses capsid-stabilizing cation-π stacking, widespread across viruses and within the Totiviridae, and an interplay of non-covalent interactions from ten distinct capsomere interfaces. The capsid-embedded mRNA decapping active site trench is supported by a constricting movement of two flexible opposite-facing loops. tRNA-loaded polysomes and other biomacromolecules, presumably mRNA, are found in virus proximity within the cell extract. Mature viruses participate in larger viral communities resembling their rare in-cell equivalents in terms of size, composition, and inter-virus distances. Our results collectively describe a 3D-architecture of a viral milieu, opening the door to cell-extract-based high-resolution structural virology.
#2: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Delineating organizational principles of the endogenous L-A virus by cryo-EM and computational analysis of native cell extracts
著者: Schmidt, L. / Tuting, C. / Kyrilis, F.L. / Hamdi, F. / Semchonok, D.A. / Hause, G. / Meister, A. / Ihling, C. / Shah, P.N.M. / Stubbs, M.T. / Sinz, A. / Stuart, D.I. / Kastritis, P.L.
履歴
登録2022年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,1402
ポリマ－152,1402
非ポリマー00
水00
1
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
x 60


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Viral particles are visible in single particle cryo-EM analysis., gel filtration, The viral particle elutes at high MDa molecular weight fraction, indicating a complex formation.
  • 9.13 MDa, 120 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,128,404120
ポリマ－9,128,404120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質 Major capsid protein / Gag protein / Major coat protein


分子量: 76070.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32503

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Saccharomyces cerevisiae virus L-A / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae virus L-A (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Saccharomyces cerevisiae
緩衝液pH: 7.4
詳細: pH of the buffer was adjusted with NaOH buffer was filtered and sonicated
緩衝液成分濃度: 200 mM / 名称: Ammoniumacetate / 式: CH3COONH4
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: heterogenous cell extract
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: blot force 2 and blot time 6 s before plunging

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 92000 X / 倍率（補正後）: 89297 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 118 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 3.61 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7020
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARCv3.3粒子像選択
2EPU2.11.1.11REL画像取得
4cryoSPARCv.3.3CTF補正
7UCSF ChimeraX1.3モデルフィッティングInitial model was ridig-fitted into the density
9Coot0.9.6モデル精密化Manual refinement of the model
10PHENIXdev-4379モデル精密化real_space_refinement with default parameters
13cryoSPARCv3.3分類
14cryoSPARCv3.3３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 2725140
3次元再構成解像度: 3.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1020420 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: The initial model was rigid-fitted by ChimeraX and refined by iterative cycles of Coot and PHENIX.
原子モデル構築PDB-ID: 1M1C

1m1c


Accession code: 1M1C / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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