+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a3l | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structural insights into the binding of bS1 to the ribosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | RIBOSOME / bS1 / Cryo-EM / Translation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of cytoplasmic translation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity ...positive regulation of cytoplasmic translation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / ribosome assembly / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / regulation of translation / transferase activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / single-stranded RNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | D'Urso, G. / Chat, S. / Gillet, R. / Giudice, E. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the binding of bS1 to the ribosome. 著者: Gaetano D'Urso / Sophie Chat / Reynald Gillet / Emmanuel Giudice / ![]() 要旨: The multidomain ribosomal protein bS1 is the biggest and the most flexible and dynamic protein in the 30S small subunit. Despite being essential for mRNA recruitment and its primary role in the ...The multidomain ribosomal protein bS1 is the biggest and the most flexible and dynamic protein in the 30S small subunit. Despite being essential for mRNA recruitment and its primary role in the accommodation of the start codon within the decoding centre, there has not yet been a high-resolution description of its structure. Here, we present a 3D atomic model of OB1 and OB2, bS1's first two N-terminal domains, bound to an elongation-competent 70S ribosome. Our structure reveals that, as previously reported, bS1 is anchored both by a π-stacking to the 30S subunit and via a salt bridge with the Zn2+ pocket of bS1. These contacts are further stabilized by other interactions with additional residues on OB1. Our model also shows a new conformation of OB2, interacting with the Shine-Dalgarno portion of the mRNA. This study confirms that OB1 plays an anchoring role, but also highlights a novel function for OB2, which is directly involved in the modulation and support of mRNA binding and accommodation on the ribosome. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 616.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 711.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 154.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 272 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 15116MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-RNA鎖 , 6種, 6分子 AVWXab
#1: RNA鎖 | 分子量: 498846.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#22: RNA鎖 | 分子量: 24818.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#23: RNA鎖 | 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#24: RNA鎖 | 分子量: 12422.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#26: RNA鎖 | 分子量: 941539.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#27: RNA鎖 | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+30S ribosomal protein ... , 21種, 21分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTUY
+50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 cdefghijklmnopqrstuvwxyz01234
-非ポリマー , 2種, 315分子 


#57: 化合物 | ChemComp-MG / #58: 化合物 | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|---|
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Elongation competent ribosome in complex with bS1 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#36, #38-#56 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 2500 kDa/nm / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 36000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 35 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6381 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 294820 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16381 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |