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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a3c | ||||||||||||
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タイトル | Nudaurelia capensis omega virus maturation intermediate captured at pH5.9 (insect cell expressed VLPs) | ||||||||||||
要素 | p70 | ||||||||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / ICOSAHEDRAL VIRUS / AUTO-CATALYTIC CLEAVAGE / VIRUS MATURATION / VIRUS-LIKE PARTICLE | ||||||||||||
機能・相同性 | Peptidase N2 / Peptidase family A21 / Viral coat protein subunit / p70 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.92 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Castells-Graells, R. / Hesketh, E.L. / Johnson, J.E. / Ranson, N.A. / Lawson, D.M. / Lomonossoff, G.P. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Nudaurelia capensis omega virus maturation intermediate captured at pH5.9 (insect cell expressed VLPs) 著者: Castells-Graells, R. / Hesketh, E.L. / Johnson, J.E. / Ranson, N.A. / Lawson, D.M. / Lomonossoff, G.P. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a3c.cif.gz | 380.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8a3c.ent.gz | 314.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8a3c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8a3c_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8a3c_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8a3c_validation.xml.gz | 80.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8a3c_validation.cif.gz | 119.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/8a3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/8a3c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15112MC 8a41C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69891.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組織 (発現宿主): Sf21 cell line / 参照: UniProt: Q4TVS9 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Nudaurelia capensis omega virus / タイプ: VIRUS / 詳細: expressed in Spodoptera frugiperda Sf21 cells / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 16.76 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 細胞: Sf21 |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
天然宿主 | 生物種: Gonimbrasia cytherea |
ウイルス殻 | 名称: coat / 直径: 460 nm / 三角数 (T数): 4 |
緩衝液 | pH: 5.9 / 詳細: NULL |
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: NULL |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 46 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10010 / 詳細: NULL |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: NULL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38792 / 詳細: NULL / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 233 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7ANM Accession code: 7ANM / Source name: PDB / タイプ: experimental model |