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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zp9 | |||||||||
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タイトル | KtrAB complex - KtrA8 ring with a KtrB dimer on each side | |||||||||
![]() | (Ktr system potassium uptake protein ...) x 2 | |||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / potassium transporter / membrane transport protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() potassium:chloride symporter activity / monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å | |||||||||
![]() | Vonck, J. / Stautz, J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: KtrAB complex 著者: Stautz, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 498.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 412.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 14851MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Ktr system potassium uptake protein ... , 2種, 12分子 HDEFABJLIMCG
#1: タンパク質 | 分子量: 23836.920 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ktrA / プラスミド: pBAD18 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 49707.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ktrB / プラスミド: pBAD18 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-糖 , 1種, 36分子 ![](data/chem/img/LMT.gif)
#5: 糖 | ChemComp-LMT / |
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-非ポリマー , 4種, 63分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-ADP / #6: 化合物 | ChemComp-K / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: KtrAB complex with a second KtrB dimer attached / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.39 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 倍率(補正後): 60168 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2716 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 87735 | ||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | ||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73965 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL / 詳細: The model was refined by phenix.real-space-refine | ||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 2.82 Å |