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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zoa | ||||||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of CGT ABC transporter in presence of CBG substrate | ||||||||||||
要素 | Beta-(1-->2)glucan export ATP-binding/permease protein NdvA | ||||||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / cyclic-beta-glucan / ABC transporter / CGT / Brucella | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type beta-glucan transporter / ABC-type beta-glucan transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Jaroslaw, S. / Dong, C.N. / Frank, L. / Na, W. / Renato, Z. / Seunho, J. / Henning, S. / Christoph, D. | ||||||||||||
資金援助 | スイス, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Mechanism of cyclic β-glucan export by ABC transporter Cgt of Brucella. 著者: Jaroslaw Sedzicki / Dongchun Ni / Frank Lehmann / Na Wu / Renato Zenobi / Seunho Jung / Henning Stahlberg / Christoph Dehio / 要旨: Polysaccharides play critical roles in bacteria, including the formation of protective capsules and biofilms and establishing specific host cell interactions. Their transport across membranes is ...Polysaccharides play critical roles in bacteria, including the formation of protective capsules and biofilms and establishing specific host cell interactions. Their transport across membranes is often mediated by ATP-binding cassette (ABC) transporters, which utilize ATP to translocate diverse molecules. Cyclic β-glucans (CβGs) are critical for host interaction of the Rhizobiales, including the zoonotic pathogen Brucella. CβGs are exported into the periplasmic space by the cyclic glucan transporter (Cgt). The interaction of an ABC transporter with a polysaccharide substrate has not been visualized so far. Here we use single-particle cryoelectron microscopy to elucidate the structures of Cgt from Brucella abortus in four conformational states. The substrate-bound structure reveals an unusual binding pocket at the height of the cytoplasmic leaflet, whereas ADP-vanadate models hint at an alternative mechanism of substrate release. Our work provides insights into the translocation of large, heterogeneous substrates and sheds light on protein-polysaccharide interactions in general. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zoa.cif.gz | 205.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zoa.ent.gz | 166.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zoa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zoa_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zoa_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zoa_validation.xml.gz | 45.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zoa_validation.cif.gz | 67.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/7zoa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/7zoa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66027.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌) 株: 2308 / 遺伝子: ndvA, cgt, BAB1_1017 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YQ73, ABC-type beta-glucan transporter #2: 多糖 | Cyclooctadecakis-(1-2)-(beta-D-glucopyranose) | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2936.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of CGT ABC transporter with the substrate Cyclic beta glucan タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.125 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: abc transporter CBG complex |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2772136 | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 379991 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 180 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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