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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zny | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the canine distemper virus tetrameric attachment glycoprotein | ||||||
要素 | Hemagglutinin glycoprotein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / canine distemper virus / morbillivirus cell entry / receptor-binding protein H / soluble H ectodomain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell membrane / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Canine morbillivirus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | ||||||
Model details | tetramer, four heads, one neck, ectodomain, viral protein | ||||||
データ登録者 | Kalbermatter, D. / Jeckelmann, J.-M. / Wyss, M. / Plattet, P. / Fotiadis, D. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Structure and supramolecular organization of the canine distemper virus attachment glycoprotein. 著者: David Kalbermatter / Jean-Marc Jeckelmann / Marianne Wyss / Neeta Shrestha / Dimanthi Pliatsika / Rainer Riedl / Thomas Lemmin / Philippe Plattet / Dimitrios Fotiadis / 要旨: Canine distemper virus (CDV) is an enveloped RNA morbillivirus that triggers respiratory, enteric, and high incidence of severe neurological disorders. CDV induces devastating outbreaks in wild and ...Canine distemper virus (CDV) is an enveloped RNA morbillivirus that triggers respiratory, enteric, and high incidence of severe neurological disorders. CDV induces devastating outbreaks in wild and endangered animals as well as in domestic dogs in countries associated with suboptimal vaccination programs. The receptor-binding tetrameric attachment (H)-protein is part of the morbilliviral cell entry machinery. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure and supramolecular organization of the tetrameric CDV H-protein ectodomain. The structure reveals that the morbilliviral H-protein is composed of three main domains: stalk, neck, and heads. The most unexpected feature was the inherent asymmetric architecture of the CDV H-tetramer being shaped by the neck, which folds into an almost 90° bent conformation with respect to the stalk. Consequently, two non-contacting receptor-binding H-head dimers, which are also tilted toward each other, are located on one side of an intertwined four helical bundle stalk domain. Positioning of the four protomer polypeptide chains within the neck domain is guided by a glycine residue (G158), which forms a hinge point exclusively in two protomer polypeptide chains. Molecular dynamics simulations validated the stability of the asymmetric structure under near physiological conditions and molecular docking showed that two receptor-binding sites are fully accessible. Thus, this spatial organization of the CDV H-tetramer would allow for concomitant protein interactions with the stalk and head domains without steric clashes. In summary, the structure of the CDV H-protein ectodomain provides new insights into the morbilliviral cell entry system and offers a blueprint for next-generation structure-based antiviral drug discovery. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zny.cif.gz | 364.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zny.ent.gz | 301.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zny.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/7zny ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/7zny | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 14842MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 68311.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canine morbillivirus (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9QPQ8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Canine morbillivirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.272 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Canine morbillivirus (ウイルス) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: Blot Time: 3.5 sec Blot Force: -6 Drain Time: 0 Wait Time: 0 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 20000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 8000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 26835 詳細: Two Datasets from two different grids were recorded: 13,760 and 13,075 movies |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 6471114 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 663258 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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