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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zje | ||||||
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タイトル | C16-2 | ||||||
要素 | Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2,Enhanced green fluorescent protein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / temperature sensor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 growth cone membrane / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / positive regulation of axon extension / axonal growth cone / calcium channel activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell body / cell surface 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) Muromegalovirus G4 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, L. / Gourdon, P. / Zygmunt, P.M. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Cannabinoid non-cannabidiol site modulation of TRPV2 structure and function. 著者: Liying Zhang / Charlotte Simonsen / Lucie Zimova / Kaituo Wang / Lavanya Moparthi / Rachelle Gaudet / Maria Ekoff / Gunnar Nilsson / Ute A Hellmich / Viktorie Vlachova / Pontus Gourdon / Peter M Zygmunt / 要旨: TRPV2 is a ligand-operated temperature sensor with poorly defined pharmacology. Here, we combine calcium imaging and patch-clamp electrophysiology with cryo-electron microscopy (cryo-EM) to explore ...TRPV2 is a ligand-operated temperature sensor with poorly defined pharmacology. Here, we combine calcium imaging and patch-clamp electrophysiology with cryo-electron microscopy (cryo-EM) to explore how TRPV2 activity is modulated by the phytocannabinoid Δ-tetrahydrocannabiorcol (C16) and by probenecid. C16 and probenecid act in concert to stimulate TRPV2 responses including histamine release from rat and human mast cells. Each ligand causes distinct conformational changes in TRPV2 as revealed by cryo-EM. Although the binding for probenecid remains elusive, C16 associates within the vanilloid pocket. As such, the C16 binding location is distinct from that of cannabidiol, partially overlapping with the binding site of the TRPV2 inhibitor piperlongumine. Taken together, we discover a new cannabinoid binding site in TRPV2 that is under the influence of allosteric control by probenecid. This molecular insight into ligand modulation enhances our understanding of TRPV2 in normal and pathophysiology. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zje.cif.gz | 449.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zje.ent.gz | 352.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zje.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zje_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zje_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zje_validation.xml.gz | 71.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zje_validation.cif.gz | 104.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/7zje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/7zje | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 14746MC 7zjdC 7zjgC 7zjhC 7zjiC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 116426.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Muromegalovirus G4 (ウイルス) 遺伝子: Trpv2, eGFP / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A0G2JSH6, UniProt: A0A7G8ZY66 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TRPV2-C16-2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 48.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 109000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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