[日本語] English
万見
- PDB-7zh0: Structure of human OCT3 in lipid nanodisc -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zh0
タイトルStructure of human OCT3 in lipid nanodisc
要素Solute carrier family 22 member 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Organic cation transporter / major-facilitator superfamily / SLC22 family / Corticosterone sensitive protein / membrane transport
機能・相同性
機能・相同性情報


histamine transport / epinephrine uptake / histamine metabolic process / monocarboxylic acid transport / serotonin transport / spermidine transmembrane transporter activity / quaternary ammonium group transmembrane transporter activity / quaternary ammonium group transport / epinephrine transport / purine-containing compound transmembrane transport ...histamine transport / epinephrine uptake / histamine metabolic process / monocarboxylic acid transport / serotonin transport / spermidine transmembrane transporter activity / quaternary ammonium group transmembrane transporter activity / quaternary ammonium group transport / epinephrine transport / purine-containing compound transmembrane transport / spermidine transport / organic cation transport / Organic cation transport / organic cation transmembrane transporter activity / histamine uptake / dopamine uptake / regulation of appetite / norepinephrine uptake / norepinephrine transport / toxin transmembrane transporter activity / Abacavir transmembrane transport / neurotransmitter transmembrane transporter activity / serotonin uptake / organic anion transport / dopamine transport / monoamine transmembrane transporter activity / monoamine transport / organic anion transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / nuclear outer membrane / neurotransmitter transport / cellular detoxification / transport across blood-brain barrier / endomembrane system / monoatomic ion transport / mitochondrial membrane / presynapse / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / neuronal cell body / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Organic cation transport protein/SVOP / Sugar transport proteins signature 1. / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 22 member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Khanppnavar, B. / Korkhov, V. / Qi, C.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation198545 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis of organic cation transporter-3 inhibition.
著者: Basavraj Khanppnavar / Julian Maier / Freja Herborg / Ralph Gradisch / Erika Lazzarin / Dino Luethi / Jae-Won Yang / Chao Qi / Marion Holy / Kathrin Jäntsch / Oliver Kudlacek / Klaus ...著者: Basavraj Khanppnavar / Julian Maier / Freja Herborg / Ralph Gradisch / Erika Lazzarin / Dino Luethi / Jae-Won Yang / Chao Qi / Marion Holy / Kathrin Jäntsch / Oliver Kudlacek / Klaus Schicker / Thomas Werge / Ulrik Gether / Thomas Stockner / Volodymyr M Korkhov / Harald H Sitte /
要旨: Organic cation transporters (OCTs) facilitate the translocation of catecholamines, drugs and xenobiotics across the plasma membrane in various tissues throughout the human body. OCT3 plays a key role ...Organic cation transporters (OCTs) facilitate the translocation of catecholamines, drugs and xenobiotics across the plasma membrane in various tissues throughout the human body. OCT3 plays a key role in low-affinity, high-capacity uptake of monoamines in most tissues including heart, brain and liver. Its deregulation plays a role in diseases. Despite its importance, the structural basis of OCT3 function and its inhibition has remained enigmatic. Here we describe the cryo-EM structure of human OCT3 at 3.2 Å resolution. Structures of OCT3 bound to two inhibitors, corticosterone and decynium-22, define the ligand binding pocket and reveal common features of major facilitator transporter inhibitors. In addition, we relate the functional characteristics of an extensive collection of previously uncharacterized human genetic variants to structural features, thereby providing a basis for understanding the impact of OCT3 polymorphisms.
履歴
登録2022年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Solute carrier family 22 member 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3331
ポリマ－61,3331
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22850 Å2
手法PISA

-
要素

#1: タンパク質 Solute carrier family 22 member 3 / Extraneuronal monoamine transporter / EMT / Organic cation transporter 3


分子量: 61332.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC22A3, EMTH, OCT3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75751

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: human OCT3 in lipid nanodisc / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル詳細
1148GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)Data set 1, 2 and 3
2149GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)Data set 4

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 238702 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 80 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0043973
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6465408
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.516537
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042630
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005671

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る