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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zcg | ||||||||||||
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タイトル | CHMP2A-CHMP3 heterodimer (430 Angstrom diameter) | ||||||||||||
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![]() | CYTOSOLIC PROTEIN / Cryo Electron Microscopy / Helical Reconstruction / Membrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament / Negative-curvature membrane | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of centriole elongation / regulation of endosome size / membrane invagination / : / amphisome membrane / multivesicular body-lysosome fusion / vesicle fusion with vacuole / suppression of viral release by host / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport ...negative regulation of centriole elongation / regulation of endosome size / membrane invagination / : / amphisome membrane / multivesicular body-lysosome fusion / vesicle fusion with vacuole / suppression of viral release by host / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / regulation of centrosome duplication / nuclear membrane reassembly / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / midbody abscission / multivesicular body sorting pathway / membrane coat / membrane fission / plasma membrane repair / late endosome to vacuole transport / phosphatidylcholine binding / multivesicular body membrane / positive regulation of exosomal secretion / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body assembly / regulation of mitotic spindle assembly / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / exit from mitosis / Lysosome Vesicle Biogenesis / regulation of early endosome to late endosome transport / mitotic metaphase chromosome alignment / Macroautophagy / molecular function inhibitor activity / nucleus organization / ubiquitin-specific protease binding / viral budding via host ESCRT complex / positive regulation of cytokinesis / autophagosome membrane / autophagosome maturation / viral release from host cell / protein polymerization / Pyroptosis / nuclear pore / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / multivesicular body / viral budding from plasma membrane / HCMV Late Events / macroautophagy / Late endosomal microautophagy / establishment of protein localization / Budding and maturation of HIV virion / protein homooligomerization / kinetochore / autophagy / protein transport / late endosome / nuclear envelope / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / midbody / cytoplasmic vesicle / early endosome / protein domain specific binding / lysosomal membrane / apoptotic process / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
![]() | Azad, K. / Desfosses, A. / Effantin, G. / Schoehn, G. / Weissenhorn, W. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of CHMP2A-CHMP3 ESCRT-III polymer assembly and membrane cleavage. 著者: Kimi Azad / Delphine Guilligay / Cecile Boscheron / Sourav Maity / Nicola De Franceschi / Guidenn Sulbaran / Gregory Effantin / Haiyan Wang / Jean-Philippe Kleman / Patricia Bassereau / Guy ...著者: Kimi Azad / Delphine Guilligay / Cecile Boscheron / Sourav Maity / Nicola De Franceschi / Guidenn Sulbaran / Gregory Effantin / Haiyan Wang / Jean-Philippe Kleman / Patricia Bassereau / Guy Schoehn / Wouter H Roos / Ambroise Desfosses / Winfried Weissenhorn / ![]() ![]() 要旨: The endosomal sorting complex required for transport (ESCRT) is a highly conserved protein machinery that drives a divers set of physiological and pathological membrane remodeling processes. However, ...The endosomal sorting complex required for transport (ESCRT) is a highly conserved protein machinery that drives a divers set of physiological and pathological membrane remodeling processes. However, the structural basis of ESCRT-III polymers stabilizing, constricting and cleaving negatively curved membranes is yet unknown. Here we present cryo-EM structures of membrane-coated CHMP2A-CHMP3 filaments from Homo sapiens of two different diameters at 3.3 and 3.6 Å resolution. The structures reveal helical filaments assembled by CHMP2A-CHMP3 heterodimers in the open ESCRT-III conformation, which generates a partially positive charged membrane interaction surface, positions short N-terminal motifs for membrane interaction and the C-terminal VPS4 target sequence toward the tube interior. Inter-filament interactions are electrostatic, which may facilitate filament sliding upon VPS4-mediated polymer remodeling. Fluorescence microscopy as well as high-speed atomic force microscopy imaging corroborate that VPS4 can constrict and cleave CHMP2A-CHMP3 membrane tubes. We therefore conclude that CHMP2A-CHMP3-VPS4 act as a minimal membrane fission machinery. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 969.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 973.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 62.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 14630MC ![]() 7zchC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17305.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18429.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Membrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament (430 Angstrom Diameter) cryo-EM map タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 24 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 5028 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 25 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 54.374 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.742 Å / らせん対称軸の対称性: C2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 89122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25353 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6TZ4 |