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万見
- PDB-7zc6: Na+ - translocating ferredoxin: NAD+ reductase (Rnf) of C. tetano... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zc6
タイトルNa+ - translocating ferredoxin: NAD+ reductase (Rnf) of C. tetanomorphum
要素
  • RnfA
  • RnfB
  • RnfC
  • RnfD
  • RnfE
  • RnfG
キーワードFLAVOPROTEIN / Rnf / flavin / iron-sulfur cluster / sodium ion translocation / anaerobic energy metabolism / oxidoreductase / electron transport / redox-coupled sodium pump
機能・相同性: / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN / IRON/SULFUR CLUSTER
機能・相同性情報
生物種Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.27 Å
データ登録者Ermler, U. / Vitt, S. / Buckel, W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)VI 778/2-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Purification and structural characterization of the Na-translocating ferredoxin: NAD reductase (Rnf) complex of Clostridium tetanomorphum.
著者: Stella Vitt / Simone Prinz / Martin Eisinger / Ulrich Ermler / Wolfgang Buckel /
要旨: Various microbial metabolisms use H/Na-translocating ferredoxin:NAD reductase (Rnf) either to exergonically oxidize reduced ferredoxin by NAD for generating a transmembrane electrochemical potential ...Various microbial metabolisms use H/Na-translocating ferredoxin:NAD reductase (Rnf) either to exergonically oxidize reduced ferredoxin by NAD for generating a transmembrane electrochemical potential or reversely to exploit the latter for producing reduced ferredoxin. For cryo-EM structural analysis, we elaborated a quick four-step purification protocol for the Rnf complex from Clostridium tetanomorphum and integrated the homogeneous and active enzyme into a nanodisc. The obtained 4.27 Å density map largely allows chain tracing and redox cofactor identification complemented by biochemical data from entire Rnf and single subunits RnfB, RnfC and RnfG. On this basis, we postulated an electron transfer route between ferredoxin and NAD via eight [4Fe-4S] clusters, one Fe ion and four flavins crossing the cell membrane twice related to the pathway of NADH:ubiquinone reductase. Redox-coupled Na translocation is provided by orchestrating Na uptake/release, electrostatic effects of the assumed membrane-integrated FMN semiquinone anion and accompanied polypeptide rearrangements mediated by different redox steps.
履歴
登録2022年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年11月23日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / em_software / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_sheet_range
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_standard_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_target_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.linker_flag / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id
解説: Model completeness
詳細: The editor has suggested to set the occupancy of the side chains to zero, which are not visible in the 4.2 A map. (I choose "model completeness" as the model was too complete for this ...詳細: The editor has suggested to set the occupancy of the side chains to zero, which are not visible in the 4.2 A map. (I choose "model completeness" as the model was too complete for this resolution according to structural experts.)
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RnfA
B: RnfB
C: RnfC
D: RnfD
E: RnfE
G: RnfG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,73818
ポリマ－169,4756
非ポリマー4,26312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 6種, 6分子 ABCDEG

#1: タンパク質 RnfA


分子量: 20594.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
発現宿主: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
#2: タンパク質 RnfB


分子量: 28008.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
発現宿主: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
#3: タンパク質 RnfC


分子量: 47164.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
発現宿主: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
#4: タンパク質 RnfD


分子量: 32990.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
発現宿主: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
#5: タンパク質 RnfE


分子量: 21213.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
発現宿主: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
#6: タンパク質 RnfG


分子量: 19502.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
発現宿主: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)

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非ポリマー , 4種, 12分子

#7: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#8: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#9: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン


分子量: 376.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Na+ -translocating ferredoxin: NAD+ reductase (Rnf) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.165 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 88423 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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