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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z6h | |||||||||
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タイトル | Structure of DNA-bound human RAD17-RFC clamp loader and 9-1-1 checkpoint clamp | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / DNA damage checkpoint / Rad17-RFC / 9-1-1 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 meiotic DNA integrity checkpoint signaling / checkpoint clamp complex / meiotic recombination checkpoint signaling / Rad17 RFC-like complex / response to organophosphorus / Ctf18 RFC-like complex / DNA clamp loader activity / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity ...meiotic DNA integrity checkpoint signaling / checkpoint clamp complex / meiotic recombination checkpoint signaling / Rad17 RFC-like complex / response to organophosphorus / Ctf18 RFC-like complex / DNA clamp loader activity / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / Polymerase switching / exodeoxyribonuclease III / DNA replication checkpoint signaling / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / regulation of phosphorylation / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / embryo development ending in birth or egg hatching / Activation of ATR in response to replication stress / DNA duplex unwinding / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA synthesis involved in DNA repair / negative regulation of DNA replication / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / ATP-dependent activity, acting on DNA / response to UV / substantia nigra development / 3'-5' exonuclease activity / telomere maintenance / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / regulation of protein phosphorylation / G2/M DNA damage checkpoint / Translesion Synthesis by POLH / double-strand break repair via homologous recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / DNA-templated DNA replication / histone deacetylase binding / SH3 domain binding / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / chromosome / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Processing of DNA double-strand break ends / site of double-strand break / DNA replication / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / damaged DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / chromatin binding / DNA damage response / nucleolus / protein kinase binding / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å | |||||||||
データ登録者 | Day, M. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022 タイトル: Structure of the human RAD17-RFC clamp loader and 9-1-1 checkpoint clamp bound to a dsDNA-ssDNA junction. 著者: Matthew Day / Antony W Oliver / Laurence H Pearl / 要旨: The RAD9-RAD1-HUS1 (9-1-1) clamp forms one half of the DNA damage checkpoint system that signals the presence of substantial regions of single-stranded DNA arising from replication fork collapse or ...The RAD9-RAD1-HUS1 (9-1-1) clamp forms one half of the DNA damage checkpoint system that signals the presence of substantial regions of single-stranded DNA arising from replication fork collapse or resection of DNA double strand breaks. Loaded at the 5'-recessed end of a dsDNA-ssDNA junction by the RAD17-RFC clamp loader complex, the phosphorylated C-terminal tail of the RAD9 subunit of 9-1-1 engages with the mediator scaffold TOPBP1 which in turn activates the ATR kinase, localised through the interaction of its constitutive partner ATRIP with RPA-coated ssDNA. Using cryogenic electron microscopy (cryoEM) we have determined the structure of a complex of the human RAD17-RFC clamp loader bound to human 9-1-1, engaged with a dsDNA-ssDNA junction. The structure answers the key questions of how RAD17 confers specificity for 9-1-1 over PCNA, and how the clamp loader specifically recognises the recessed 5' DNA end and fixes the orientation of 9-1-1 on the ssDNA. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z6h.cif.gz | 494 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7z6h.ent.gz | 379.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7z6h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7z6h_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7z6h_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7z6h_validation.xml.gz | 73.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7z6h_validation.cif.gz | 103.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z6h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 14527MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-11062 (タイトル: Structure of the human RAD17-RFC clamp loader and 9-1-1 checkpoint clamp bound to a dsDNA-ssDNA junction Data size: 4.4 TB Data #1: unaligned multiframe EER movies for human RAD17-RFC clamp loader and 9-1-1 checkpoint clamp bound to a dsDNA-ssDNA junction [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Cell cycle checkpoint ... , 2種, 3分子 ABK
#1: タンパク質 | 分子量: 44260.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAD9A 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q99638, exodeoxyribonuclease III |
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#2: タンパク質 | 分子量: 115195.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAD1, REC1, RAD17, R24L 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O60671, UniProt: O75943, exodeoxyribonuclease III |
-Replication factor C subunit ... , 4種, 4分子 DEFG
#4: タンパク質 | 分子量: 39719.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RFC4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P35249 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 40614.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RFC3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P40938 |
#6: タンパク質 | 分子量: 39203.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RFC2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P35250 |
#7: タンパク質 | 分子量: 40688.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RFC5 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P40937 |
-タンパク質 / DNA鎖 / 非ポリマー , 3種, 8分子 CXY
#3: タンパク質 | 分子量: 31731.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HUS1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O60921 | ||
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#8: DNA鎖 | 分子量: 23761.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: DNA with the sequence CCCGTATATTCTCCTACAGCACTAAATAATAGTGCTGTAGGAGAATATACGGGCTGCTCGTGTTGACAAGTACTGAT which forms a hairpin DNA molecule with 24 base-pairs of fully-complementary dsDNA capped ...詳細: DNA with the sequence CCCGTATATTCTCCTACAGCACTAAATAATAGTGCTGTAGGAGAATATACGGGCTGCTCGTGTTGACAAGTACTGAT which forms a hairpin DNA molecule with 24 base-pairs of fully-complementary dsDNA capped with a tetraloop at one end, and with a 24 nucleotide 3' overhang 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #9: 化合物 | ChemComp-AGS / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: DNA-bound human RAD17-RFC clamp loader and 9-1-1 checkpoint clamp タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.35 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.21 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 34.9 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 150626 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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