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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z3n | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the ribosome-associated RAC complex on the 80S ribosome - RAC-1 conformation | ||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE / RAC / ribosome-associated complex / thermophilic eukaryotic ribosome / 80S | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase I core factor complex / 'de novo' cotranslational protein folding / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / protein glycosylation / 90S preribosome / regulation of translational fidelity / translation regulator activity / maturation of LSU-rRNA ...RNA polymerase I core factor complex / 'de novo' cotranslational protein folding / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / protein glycosylation / 90S preribosome / regulation of translational fidelity / translation regulator activity / maturation of LSU-rRNA / Hsp70 protein binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA / methyltransferase activity / small-subunit processome / protein kinase C binding / ATP-dependent protein folding chaperone / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / methylation / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / positive regulation of protein phosphorylation / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Kisonaite, M. / Wild, K. / Sinning, I. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: Structural inventory of cotranslational protein folding by the eukaryotic RAC complex. 著者: Miglė Kišonaitė / Klemens Wild / Karine Lapouge / Genís Valentín Gesé / Nikola Kellner / Ed Hurt / Irmgard Sinning / 要旨: The challenge of nascent chain folding at the ribosome is met by the conserved ribosome-associated complex (RAC), which forms a chaperone triad with the Hsp70 protein Ssb in fungi, and consists of ...The challenge of nascent chain folding at the ribosome is met by the conserved ribosome-associated complex (RAC), which forms a chaperone triad with the Hsp70 protein Ssb in fungi, and consists of the non-canonical Hsp70 Ssz1 and the J domain protein Zuotin (Zuo1). Here we determine cryo-EM structures of Chaetomium thermophilum RAC bound to 80S ribosomes. RAC adopts two distinct conformations accommodating continuous ribosomal rotation by a flexible lever arm. It is held together by a tight interaction between the Ssz1 substrate-binding domain and the Zuo1 N terminus, and additional contacts between the Ssz1 nucleotide-binding domain and Zuo1 J- and Zuo1 homology domains, which form a rigid unit. The Zuo1 HPD motif conserved in J-proteins is masked in a non-canonical interaction by the Ssz1 nucleotide-binding domain, and allows the positioning of Ssb for activation by Zuo1. Overall, we provide the basis for understanding how RAC cooperates with Ssb in a dynamic nascent chain interaction and protein folding. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z3n.cif.gz | 4.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7z3n.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7z3n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7z3n_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7z3n_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7z3n_validation.xml.gz | 351.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7z3n_validation.cif.gz | 615.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/7z3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/7z3n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 14479MC 7z3oC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 1234
#1: RNA鎖 | 分子量: 1078730.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 578772.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 38596.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
#4: RNA鎖 | 分子量: 50147.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
-タンパク質 , 9種, 9分子 ABCDLHLWLhLkLs
#5: タンパク質 | 分子量: 35149.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S9U0 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 32667.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S428 |
#7: タンパク質 | 分子量: 51048.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RYD6 |
#8: タンパク質 | 分子量: 62449.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RZX9 |
#16: タンパク質 | 分子量: 21582.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
#31: タンパク質 | 分子量: 18081.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
#42: タンパク質 | 分子量: 14643.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 参照: UniProt: G0S0D7, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase |
#45: タンパク質 | 分子量: 9537.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
#52: タンパク質 | 分子量: 33853.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SGP3 |
+60S ribosomal protein ... , 29種, 30分子 LALBLCLDLELFLGLILKLLLMLOLPLSLTLULVLXLYLZLaLbLcLeLfLiLnLrLoLp
-Putative ribosomal ... , 3種, 3分子 LJLmSS
#18: タンパク質 | 分子量: 20119.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SHQ2 |
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#47: タンパク質 | 分子量: 14609.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S8G4 |
#72: タンパク質 | 分子量: 17826.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S6J7 |
-Ribosomal protein ... , 8種, 8分子 LNLQLRLgLjLlSbSd
#22: タンパク質 | 分子量: 24307.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RZ88 |
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#25: タンパク質 | 分子量: 24195.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S9B5 |
#26: タンパク質 | 分子量: 22409.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S9T3 |
#41: タンパク質 | 分子量: 13492.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SFN0 |
#44: タンパク質 | 分子量: 10660.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S101 |
#46: タンパク質 | 分子量: 6297.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
#81: タンパク質 | 分子量: 8923.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S1S4 |
#83: タンパク質 | 分子量: 6504.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
-Putative 60S ribosomal ... , 2種, 2分子 LdLq
#38: タンパク質 | 分子量: 13872.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SD68 |
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#51: タンパク質 | 分子量: 15960.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SHJ6 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 NC
#53: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2315.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
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+40S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 SASBSCSDSESFSGSHSISJSKSLSMSNSOSPSQSRSTSUSVSWSXSYSZSaScSeSf
-非ポリマー , 3種, 464分子
#86: 化合物 | ChemComp-MG / #87: 化合物 | ChemComp-ATP / | #88: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Chaetomium thermophilum RAC on 80S ribosome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#85 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 39.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 305951 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7OLC | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 201.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: NCS constraints / Rms dev position: 0.000700055497955 Å |