+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z11 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of substrate bound DRG1 (AFG2) | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | CHAPERONE / Ribosome biogenesis / AAA-ATPases / substrate recognition / single particle cryo-EM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein hexamerization / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit biogenesis / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Prattes, M. / Grishkovskaya, I. / Bergler, H. / Haselbach, D. | ||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Visualizing maturation factor extraction from the nascent ribosome by the AAA-ATPase Drg1. 著者: Michael Prattes / Irina Grishkovskaya / Victor-Valentin Hodirnau / Christina Hetzmannseder / Gertrude Zisser / Carolin Sailer / Vasileios Kargas / Mathias Loibl / Magdalena Gerhalter / Lisa ...著者: Michael Prattes / Irina Grishkovskaya / Victor-Valentin Hodirnau / Christina Hetzmannseder / Gertrude Zisser / Carolin Sailer / Vasileios Kargas / Mathias Loibl / Magdalena Gerhalter / Lisa Kofler / Alan J Warren / Florian Stengel / David Haselbach / Helmut Bergler / 要旨: The AAA-ATPase Drg1 is a key factor in eukaryotic ribosome biogenesis that initiates cytoplasmic maturation of the large ribosomal subunit. Drg1 releases the shuttling maturation factor Rlp24 from ...The AAA-ATPase Drg1 is a key factor in eukaryotic ribosome biogenesis that initiates cytoplasmic maturation of the large ribosomal subunit. Drg1 releases the shuttling maturation factor Rlp24 from pre-60S particles shortly after nuclear export, a strict requirement for downstream maturation. The molecular mechanism of release remained elusive. Here, we report a series of cryo-EM structures that captured the extraction of Rlp24 from pre-60S particles by Saccharomyces cerevisiae Drg1. These structures reveal that Arx1 and the eukaryote-specific rRNA expansion segment ES27 form a joint docking platform that positions Drg1 for efficient extraction of Rlp24 from the pre-ribosome. The tips of the Drg1 N domains thereby guide the Rlp24 C terminus into the central pore of the Drg1 hexamer, enabling extraction by a hand-over-hand translocation mechanism. Our results uncover substrate recognition and processing by Drg1 step by step and provide a comprehensive mechanistic picture of the conserved modus operandi of AAA-ATPases. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z11.cif.gz | 722.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7z11.ent.gz | 608.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7z11.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7z11_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7z11_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7z11_validation.xml.gz | 117 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7z11_validation.cif.gz | 178.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/7z11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/7z11 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 14437MC 7z34C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 84850.719 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AFG2, DRG1, YLR397C, L8084.16 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae BY4743 (パン酵母) 参照: UniProt: P32794, non-chaperonin molecular chaperone ATPase #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1720.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae BY4743 (パン酵母) #3: 化合物 | ChemComp-AGS / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: AFG2 hexamer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4743 (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3148330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114728 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|