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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yzo | |||||||||
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タイトル | Endonuclease state of the E. coli Mre11-Rad50 (SbcCD) head complex bound to ADP and dsDNA | |||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / ABC-type ATPase / Nuclease / DNA repair | |||||||||
機能・相同性 | ![]() DNA exonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / DNA repair complex / 3'-5'-DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / DNA recombination / DNA replication / DNA repair ...DNA exonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / DNA repair complex / 3'-5'-DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Gut, F. / Kaeshammer, L. / Lammens, K. / Bartho, J. / van de Logt, E. / Kessler, B. / Hopfner, K.P. | |||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural mechanism of endonucleolytic processing of blocked DNA ends and hairpins by Mre11-Rad50. 著者: Fabian Gut / Lisa Käshammer / Katja Lammens / Joseph D Bartho / Anna-Maria Boggusch / Erik van de Logt / Brigitte Kessler / Karl-Peter Hopfner / ![]() 要旨: DNA double-strand breaks (DSBs) threaten genome stability and are linked to tumorigenesis in humans. Repair of DSBs requires the removal of attached proteins and hairpins through a poorly understood ...DNA double-strand breaks (DSBs) threaten genome stability and are linked to tumorigenesis in humans. Repair of DSBs requires the removal of attached proteins and hairpins through a poorly understood but physiologically critical endonuclease activity by the Mre11-Rad50 complex. Here, we report cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the bacterial Mre11-Rad50 homolog SbcCD bound to a protein-blocked DNA end and a DNA hairpin. The structures reveal that Mre11-Rad50 bends internal DNA for endonucleolytic cleavage and show how internal DNA, DNA ends, and hairpins are processed through a similar ATP-regulated conformational state. Furthermore, Mre11-Rad50 is loaded onto blocked DNA ends with Mre11 pointing away from the block, explaining the distinct biochemistries of 3' → 5' exonucleolytic and endonucleolytic incision through the way Mre11-Rad50 interacts with diverse DNA ends. In summary, our results unify Mre11-Rad50's enigmatic nuclease diversity within a single structural framework and reveal how blocked DNA ends and hairpins are processed. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 360.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 268.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 52.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 74.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 14391MC ![]() 7yzpC ![]() 7z03C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Nuclease SbcCD subunit ... , 2種, 4分子 CDAB
#1: タンパク質 | 分子量: 118851.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: A large part of the structure in the middle of the sequence is missing. Therefore the alignment is not correct. The C-terminal part misaligns to the middle domain of the sequence. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 45640.277 Da / 分子数: 2 / Mutation: H84Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 EF
#3: DNA鎖 | 分子量: 37099.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: GenBank: 1825215262 |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 36970.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: GenBank: 1825215262 |
-非ポリマー , 3種, 8分子 ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-MN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Complex of Mre11 dimer, Rad50 dimer and double-stranded DNA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 43.19 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 199751 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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