PDB-7yx5: Structure of the Mimivirus genomic fibre in its relaxed 5-start h...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yx5

タイトル

Structure of the Mimivirus genomic fibre in its relaxed 5-start helix form

要素

Putative glucose-methanol-choline oxidoreductase protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Mimivirus / Genomic fibre / Cytoplasmic infectious cycle / 1.2 Mb dsDNA / VIRUS

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Villalta, A. / Schmitt, A. / Estrozi, L.F. / Quemin, E.R.J. / Alempic, J.M. / Lartigue, A. / Prazak, V. / Belmudes, L. / Vasishtan, D. / Colmant, A.M.G. ...

資金援助

フランス, 7件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	832601	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-16-CE11-0033-01	フランス
German Research Foundation (DFG)	INST 152/772-1\|152/774-1\|152/775-1\|152/776-1	フランス
Wellcome Trust	107806/Z/15/Z	フランス
German Federal Ministry for Education and Research	05K18BHA	フランス
Alexander von Humboldt Foundation	FRA 1200789 HFST-P	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-10-INBS-04	フランス

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: The giant mimivirus 1.2 Mb genome is elegantly organized into a 30-nm diameter helical protein shield.
著者: Alejandro Villalta / Alain Schmitt / Leandro F Estrozi / Emmanuelle R J Quemin / Jean-Marie Alempic / Audrey Lartigue / Vojtěch Pražák / Lucid Belmudes / Daven Vasishtan / Agathe M G ...
要旨: Mimivirus is the prototype of the family of giant dsDNA viruses. Little is known about the organization of the 1.2 Mb genome inside the membrane-limited nucleoid filling the ~0.5 µm icosahedral ...

履歴

登録	2022年2月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月17日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yx5.cif.gz	124.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yx5.ent.gz	95.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yx5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yx5_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yx5_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7yx5_validation.xml.gz	41.5 KB	表示
CIF形式データ	7yx5_validation.cif.gz	59.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/7yx5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/7yx5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	14355MC 13641C 14353C 14354C 15627C 15628C 15629C 15630C 7ptvC 7yx3C 7yx4C 4z24 C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Putative glucose-methanol-choline oxidoreductase protein

ヘテロ分子

77.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative glucose-methanol-choline oxidoreductase protein

ヘテロ分子

x 30

登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, Negative staining, Cryo-EM, Cryo-Tomogrammes
2.32 MDa, 30 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

#1: タンパク質	Putative glucose-methanol-choline oxidoreductase protein 分子量: 76431.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス) 参照: UniProt: E5L7Z5
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Mimivirus genomic fibre in its relaxed 5-start helix form タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス) / 株: Reunion
緩衝液	pH: 7.5
緩衝液成分	濃度: 40 mM / 名称: Tris buffer / 式: (HOCH₂)₃CNH₂
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 50.6 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: -23.975 ° / 軸方向距離/サブユニット: 31.11 Å / らせん対称軸の対称性: D5

3次元再構成

解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 11958 / 対称性のタイプ: HELICAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.006	10260
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.784	14032
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	10.361	1406
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.053	1564
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.006	1812

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関連情報:EMDBヘッダ

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