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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yvq | |||||||||
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タイトル | Complex structure of Clostridioides difficile binary toxin folded CDTa-bound CDTb-pore (short). | |||||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN / Complex / Translocation / Oligomer / Unfoldase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein homooligomerization / transferase activity / nucleotide binding / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Clostridioides difficile (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å | |||||||||
データ登録者 | Yamada, T. / Kawamoto, A. / Yoshida, T. / Sato, Y. / Kato, T. / Tsuge, H. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of the translocational binary toxin complex CDTa-bound CDTb-pore from Clostridioides difficile. 著者: Akihiro Kawamoto / Tomohito Yamada / Toru Yoshida / Yusui Sato / Takayuki Kato / Hideaki Tsuge / 要旨: Some bacteria express a binary toxin translocation system, consisting of an enzymatic subunit and translocation pore, that delivers enzymes into host cells through endocytosis. The most clinically ...Some bacteria express a binary toxin translocation system, consisting of an enzymatic subunit and translocation pore, that delivers enzymes into host cells through endocytosis. The most clinically important bacterium with such a system is Clostridioides difficile (formerly Clostridium). The CDTa and CDTb proteins from its system represent important therapeutic targets. CDTb has been proposed to be a di-heptamer, but its physiological heptameric structure has not yet been reported. Here, we report the cryo-EM structure of CDTa bound to the CDTb-pore, which reveals that CDTa binding induces partial unfolding and tilting of the first CDTa α-helix. In the CDTb-pore, an NSS-loop exists in 'in' and 'out' conformations, suggesting its involvement in substrate translocation. Finally, 3D variability analysis revealed CDTa movements from a folded to an unfolded state. These dynamic structural information provide insights into drug design against hypervirulent C. difficile strains. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yvq.cif.gz | 679.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yvq.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7yvq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7yvq_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7yvq_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7yvq_validation.xml.gz | 106.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7yvq_validation.cif.gz | 161.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/7yvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/7yvq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75657.141 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア) 遺伝子: cdtB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8DS70 #2: タンパク質 | | 分子量: 49420.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア) 遺伝子: cdtA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KH42 #3: 化合物 | ChemComp-CA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Clostridioides difficile transferase complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3) |
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 10 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM CaCl2, and 0.003% (w/v) LMNG |
試料 | 濃度: 1.58 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 平均露光時間: 3.36 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11284 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 735102 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24981 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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