[日本語] English
万見
- PDB-7yla: Cryo-EM structure of 50S-HflX complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yla
タイトルCryo-EM structure of 50S-HflX complex
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 5S rRNA
  • Escherichia coli strain K-12 substr. MG1655_TMP32XR1 chromosome, complete genome
  • GTPase HflX
キーワードRIBOSOME / HflX
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination ...ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / translation repressor activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / rescue of stalled ribosome / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / response to heat / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HflX, C-terminal domain / HflX C-terminal domain / GTPase HflX / GTPase HflX, N-terminal / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GTP-binding protein, middle domain / GTPase HflX, N-terminal domain superfamily / GTP-binding GTPase N-terminal / GTP-binding GTPase Middle Region / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...HflX, C-terminal domain / HflX C-terminal domain / GTPase HflX / GTPase HflX, N-terminal / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GTP-binding protein, middle domain / GTPase HflX, N-terminal domain superfamily / GTP-binding GTPase N-terminal / GTP-binding GTPase Middle Region / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / EF-G domain III/V-like / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site / : / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / GTPase HflX / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Damu, W. / Ning, G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31725007 中国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM Structure of the 50S-HflX Complex Reveals a Novel Mechanism of Antibiotic Resistance in E. coli
著者: Wu, D. / Dai, Y. / Gao, N.
履歴
登録2022年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
6: GTPase HflX
I: Escherichia coli strain K-12 substr. MG1655_TMP32XR1 chromosome, complete genome
J: 5S rRNA
K: 50S ribosomal protein L2
L: 50S ribosomal protein L3
M: 50S ribosomal protein L4
N: 50S ribosomal protein L5
O: 50S ribosomal protein L6
P: 50S ribosomal protein L9
Q: 50S ribosomal protein L11
R: 50S ribosomal protein L13
S: 50S ribosomal protein L14
T: 50S ribosomal protein L15
U: 50S ribosomal protein L16
V: 50S ribosomal protein L17
W: 50S ribosomal protein L18
X: 50S ribosomal protein L19
Y: 50S ribosomal protein L20
Z: 50S ribosomal protein L21
a: 50S ribosomal protein L22
b: 50S ribosomal protein L23
c: 50S ribosomal protein L24
d: 50S ribosomal protein L25
e: 50S ribosomal protein L27
f: 50S ribosomal protein L28
g: 50S ribosomal protein L29
h: 50S ribosomal protein L30
i: 50S ribosomal protein L32
j: 50S ribosomal protein L33
k: 50S ribosomal protein L34
l: 50S ribosomal protein L35
m: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,400,14938
ポリマ－1,399,46532
非ポリマー6846
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 6

#1: タンパク質 GTPase HflX / GTP-binding protein HflX


分子量: 48362.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hflX, b4173, JW4131 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25519

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#2: RNA鎖 Escherichia coli strain K-12 substr. MG1655_TMP32XR1 chromosome, complete genome / 23S rRNA


分子量: 941612.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 937521852
#3: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38177.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1727529157

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 KLMNOPQRSTUVWXYZabcdefghijklm

#4: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29663.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplB, EAZG_04115 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X3LPI5
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: rplC, rplC_1, A5U30_004554, A6592_25805, A8499_003334, A8502_004021, A9X72_02175, AAG43_004444, AAS29_002160, ACN68_01905, ACN81_25530, ACU57_20950, AF998_005044, AM464_09230, APX88_16065, ...遺伝子: rplC, rplC_1, A5U30_004554, A6592_25805, A8499_003334, A8502_004021, A9X72_02175, AAG43_004444, AAS29_002160, ACN68_01905, ACN81_25530, ACU57_20950, AF998_005044, AM464_09230, APX88_16065, AT335_004245, AT845_004376, AW118_24910, AW119_26720, AWP47_12635, B6R12_002805, B6R15_004067, B6R31_004966, B6R48_005033, B6R87_004943, BANRA_04330, BANRA_04478, BEA19_23435, BER14_25200, BF481_004928, BG944_001135, BGM66_003591, BHS81_19845, BJI68_08665, BJJ90_02115, BK292_20515, BK383_24635, BKL28_004541, BLM69_000042, BMC79_004417, BMT49_24970, BMT50_12205, BMT91_20080, BN17_32541, BO068_004021, BOB65_004252, BOH76_10300, BON63_16650, BON64_02020, BON65_18050, BON66_26160, BON67_18880, BON68_24750, BON69_09885, BON70_00130, BON71_23175, BON72_13515, BON73_23855, BON74_04615, BON75_18755, BON76_15795, BON77_05670, BON78_22665, BON79_17330, BON80_14605, BON81_00485, BON82_23230, BON83_10090, BON84_09820, BON86_14480, BON87_22970, BON88_17700, BON89_16080, BON90_18925, BON91_16820, BON92_01280, BON93_00960, BON94_10910, BON95_01970, BON96_04520, BON97_10055, BON98_13405, BR158_003792, BR331_19070, BRV02_004595, BRV34_003968, BRV41_004356, BSR05_22800, BTB68_004354, BTQ06_10700, BUO55_004695, BvCmsF30A_00536, BvCmsHHP019_04150, BvCmsHHP056_02722, BvCmsKKP036_04791, BvCmsKKP061_03032, BvCmsKSNP073_02074, BVL39_09465, BXT93_05465, BZL69_26040, C0P57_002670, C1Q91_004902, C2121_004160, C2M16_25395, C2R31_004635, C2U48_16885, C3F40_19710, C5N07_23480, C5Y87_24355, C9114_23900, C9160_24410, C9E67_02715, C9Z68_22645, CA593_09640, CCS08_00225, CCV12_002919, CDC27_17755, CDL36_25500, CDL37_18685, CF22_004847, CG831_003651, CHM61_002989, CIG67_10665, CO706_15295, CQ986_004879, CQB02_00720, CR538_02410, CR539_21910, CR628_001368, CSE52_004332, CTR35_003632, CV83915_02778, CWS33_24950, CX938_003833, CXJ73_004407, CY655_21330, D0X26_24590, D1H34_002944, D3822_13385, D3C88_31160, D3G36_23040, D3Y67_24485, D4N09_20265, D4U49_16240, D9D43_22540, D9D77_24765, D9E34_23515, D9E49_05250, D9H94_20740, D9J03_20145, D9J61_16745, DAH17_20625, DAH18_25830, DAH19_23775, DAH20_24960, DAH21_04325, DAH22_07570, DAH23_26045, DAH24_26530, DAH25_10220, DAH26_26195, DAH27_08515, DAH28_09130, DAH29_12635, DAH30_24525, DAH31_24575, DAH32_04050, DAH33_05990, DAH34_23375, DAH35_26770, DAH36_23945, DAH37_14780, DAH38_04660, DAH40_11295, DAH41_02685, DAH42_05785, DAH43_07620, DAH45_06625, DAH46_07610, DAH47_06860, DAH48_25915, DAH49_06250, DAH50_22825, DD762_23640, DEN86_25710, DEN87_25115, DEN88_25025, DEN89_26920, DEN90_26120, DEN91_25670, DEN92_25260, DEN93_25395, DEN94_25060, DEN95_25535, DEN96_24490, DEN97_24555, DEN98_24370, DEN99_24050, DEO00_23745, DEO01_24140, DEO02_24550, DEO03_23465, DEO04_24850, DEO05_24720, DEO06_25035, DEO07_25275, DEO08_24815, DEO09_24800, DEO10_24835, DEO11_24485, DEO12_25760, DEO13_24900, DEO14_24930, DEO15_25560, DEO17_25290, DEO19_25310, DEO20_25430, DIV22_15165, DKP82_26155, DM870_23850, DN627_24275, DNQ45_03850, DNX30_25385, DRW19_24990, DS732_24355, DTL43_20905, DTL90_24785, DTM45_24460, DU321_12095, DXT69_23845, DXT70_20105, DXT71_20625, DXT73_21180, E0I42_22285, E2112_22050, E2113_03705, E2114_23425, E2115_22225, E2116_22695, E2117_23015, E2118_22205, E2119_19545, E2120_23465, E2121_21545, E2122_18945, E2123_21645, E2124_22245, E2125_23050, E2127_22005, E2128_19230, E2129_22280, E2130_23045, E2131_16935, E2132_21170, E2133_20125, E2134_21975, E2135_06090, E2136_22520, E2646_17875, E3N34_07255, E3O05_13890, E4K51_21585, E4T14_17190, E4T84_22775, E5H86_24430, E5M02_22195, E5P22_10575, E5P23_18270, E5P24_20790, E5P25_23480, E5P26_15700, E5P27_18105, E5P28_20780, E5P29_17690, E5P30_23040, E5P31_16840, E5P32_11705, E5P33_08980, E5P34_20380, E5P35_16020, E5P36_06820, E5P37_20795, E5P39_20305, E5P40_15190, E5P41_17280, E5P42_07455, E5P43_17755, E5P44_19020, E5P45_14030, E5P46_16940, E5P47_16665, E5P48_15985, E5P49_19740, E5P50_20825, E5P51_15750, E5P52_20390, E5S34_21770, E5S35_22550, E5S36_21060, E5S38_21955, E5S39_21710, E5S42_21790, E5S43_21540, E5S44_22800, E5S45_22935, E5S46_21670, E5S47_23275, E5S48_23215, E5S51_20910, E5S52_23140, E5S53_22850, E5S54_24660, E5S55_22910, E5S56_23115, E5S57_20250, E5S58_20935, E5S59_22515, E5S61_22770, E5S62_22400, E6C80_04260, E6D34_21665, EA239_22885, EA435_23125, EAI46_07570, EAN77_23430, EAX79_10805, EBP16_21780, EC1094V2_335, EC95NR1_02711, ECs4185, ED648_20425, EHD79_24145, EI021_21125, EIA08_24050, EIZ93_12375, EKI52_17570, EL79_0396, EL80_0388, ELT16_22425, ELT17_22345, ELT20_19075, ELT21_19060, ELT22_22590, ELT23_23200, ELT24_21815, ELT25_21770, ELT26_21745, ELT27_21655, ELT28_22740, ELT29_23005, ELT30_21030, ELT31_10320, ELT32_22730, ELT33_23515, ELT34_21725, ELT35_21180, ELT36_21870, ELT38_22650, ELT39_22215, ELT40_22100, ELT41_20840, ELT44_23170, ELT45_22690, ELT46_22780, ELT48_23015, ELT49_22970, ELT50_22965, ELT51_23840, ELT52_22220, ELT54_08510, ELT55_20145, ELT56_22890, ELT58_22145, ELT59_22310, ELT60_23010, ELT61_22580, ELT63_20870, ELT72_22275, ELU07_18705, ELU82_21805, ELU83_22925, ELU85_15865, ELU88_22880, ELU89_17475, ELU90_22325, ELU91_21450, ELU94_19155, ELU95_22685, ELU96_23485, ELU97_23540, ELU98_18150, ELU99_24045, ELV00_23405, ELV01_23770, ELV02_22800, ELV03_22315, ELV04_22810, ELV05_20095, ELV07_23660, ELV08_15755, ELV09_19390, ELV10_17970, ELV11_24730, ELV12_18320, ELV13_17640, ELV15_19655, ELV16_22775, ELV20_22490, ELV21_17705, ELV22_19090, ELV23_23300, ELV26_24050, ELV28_23020, ELV29_21190, ELV40_23840, ELX48_21575, ELX61_21805, ELX66_23305, ELX68_21395, ELX69_24375, ELX76_23035, ELX79_21270, ELX85_16835, ELX96_16900, ELY02_08085, ELY31_21655, ELY32_12770, ELY36_23250, ELY39_19505, ELY41_18815, ELY48_23255, EN85_004347, EPS76_07120, ERS085406_04388, ERS139208_04336, EWK56_25090, ExPECSC038_03638, EXX13_24635, EYV17_11500, EYV18_18495, EYX47_21135, F0L67_25410, F2N20_22060, F2N31_23540, F3N40_22270, F7F11_22630, F7N46_23915, F9413_21140, F9461_25560, F9B07_24590, F9S83_19085, F9V24_19050, F9X20_02055, FA849_13265, FA868_22840, FDM60_20745, FE584_05435, FE587_06325, FEJ01_22420, FEL34_20830, FFF58_25360, FGG80_25040, FHD44_21360, FHO90_04645, FHQ91_21910, FIJ20_21100, FJQ40_18400, FJQ51_22090, FJQ53_22820, FKO60_25730, FOI11_019165, FOI11_04015, FPI65_20400, FPJ29_20960, FPS11_25335, FQF29_19275, FV293_22370, FVB16_04965, FY127_21635, FZC17_14865, FZN31_02540, FZU14_21915, G3565_26410, G3813_004621, G3V95_19940, G3W53_21050, G4A38_21605, G4A47_20875, G5603_24680, G7630_004348, G9448_16980, GAI66_20425, GAI89_24735, GAJ12_24625, GAJ26_22105, GF147_24610, GF699_19830, GFY34_22805, GIB53_19305, GJ11_21480, GJO56_22830, GKF66_21640, GKF89_18565, GNW61_16725, GNZ05_25890, GOP25_22800, GP711_23400, GP944_18885, GP954_00850, GP965_04390, GP975_01280, GP979_01910, GQA06_03855, GQM04_10660, GQM13_25295, GQM21_11325, GQN34_23360, GQW07_21455, GQW68_22815, GQW80_23060, GRC73_21655, GRO95_20720, GRW05_09155, GRW24_04660, GRW56_00390, GRW57_03445, GSM54_23235, GSY44_20095, GTP88_23085, GUC01_21275, GUI33_20140, H0O37_13895, H0O39_19195, H0O51_24830, H0O53_20735, H0O72_19510, HCQ42_003930, HEP30_018730, HEP34_004752, HHH44_004517, HI055_004158, HIE29_005205, HIN64_004180, HJ942_004420, HJQ60_004993, HJS37_004719, HJU54_004673, HKA49_005017, HL563_21455, HL601_22260, HLV18_23245, HLX92_09980, HLZ50_22085, HmCms169_03512, HMJ82_26095, HMU06_24615, HMV95_19700, HMW38_23200, HNC36_20285, HNC59_23020, HNC66_24755, HNC99_22445, HND12_26325, HV109_02095, HV146_21765, HV209_14620, HVV39_09360, HVW04_17440, HVW19_19380, HVW43_18575, HVX31_01875, HVX32_19140, HVY77_02080, HVZ29_19190, HVZ30_01960, HVZ71_02265, HX136_02100, I6H00_20830, I6H01_10815, IA00_004106, IFB95_004824, IH768_14175, IH772_23920, IT029_004935, J0541_004415, J4S20_004784, J5U05_004069, JE86ST02C_37880, JE86ST05C_37910, JFD_03731, JNP96_25400, NCTC10082_02821, NCTC10089_00484, NCTC10090_03509, NCTC10418_00672, NCTC10429_01075, NCTC10764_03845, NCTC10767_01498, NCTC10865_00640, NCTC10974_00531, NCTC11126_02752, NCTC11341_01907, NCTC12950_00461, NCTC13127_00766, NCTC13148_03458, NCTC13216_01370, NCTC4450_02457, NCTC7927_00533, NCTC7928_02535, NCTC8008_05364, NCTC8009_01491, NCTC8179_05923, NCTC8333_00471, NCTC8450_04919, NCTC8500_00315, NCTC8621_00490, NCTC8959_03279, NCTC8960_03052, NCTC8985_04963, NCTC9036_00521, NCTC9037_00645, NCTC9044_01378, NCTC9077_00586, NCTC9081_00899, NCTC9111_00849, NCTC9117_00738, NCTC9702_00519, NCTC9706_02719, NCTC9775_03984, NCTC9777_01873, NCTC9962_06779, ND22_005138, RG28_21705, SAMEA3472044_01144, SAMEA3472056_05429, SAMEA3472147_04274, SAMEA3751407_00042, SAMEA3752557_01970, SAMEA3753106_04616, TUM18780_04180, WP4S18E07_04240, WR15_19700, XU56_003421
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQU2
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplD, eryA, b3319, JW3281 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60723
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20073.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplE, b3308, JW3270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62399
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR17
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein bL9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplI, b4203, JW4161 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R1
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L11 / Large ribosomal subunit protein uL11


分子量: 14020.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplK, relC, b3983, JW3946 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7J7
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplM, b3231, JW3200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA10
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13451.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQZ2
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplP, b3313, JW3275 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13721.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplQ, EAXG_02993 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X3LC97
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 12663.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplR, b3304, JW3266 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C018
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein bL19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplS, b2606, JW2587 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7K6
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplT, pdzA, b1716, JW1706 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L3
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplU, b3186, JW3153 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG48
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplV, eryB, b3315, JW3277 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 10546.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplW, b3318, JW3280 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ0
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11078.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplX, ECJG_02968 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4TL32
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / Large ribosomal subunit protein bL25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplY, b2185, JW2173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 8174.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmA, b3185, JW3152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L8
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein bL28


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmB, b3637, JW3612 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M2
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7155.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmC, b3312, JW3274 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M6
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmD, b3302, JW3264 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmF, HMPREF9536_00655 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7XI28
#29: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33 / Large ribosomal subunit protein bL33


分子量: 5814.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmG, b3636, JW3611 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N9
#30: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein bL34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmH, rimA, ssaF, b3703, JW3680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7P5
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Ribosomal protein A


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmI, b1717, JW1707 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q1
#32: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein bL36-A / Ribosomal protein B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmJ, b3299, JW3261 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q6

-
非ポリマー , 4種, 6分子

#33: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#34: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#35: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#36: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cryo-EM structure of 50S-HflXCOMPLEX#1-#320RECOMBINANT
250S ribosomeCOMPLEX#2-#321NATURAL
3GTPase HflXCOMPLEX#11RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 1.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 93913 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る