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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yk1 | |||||||||
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タイトル | Structural basis of human PRPS2 filaments | |||||||||
要素 | Ribose-phosphate pyrophosphokinase 2 | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / phosphoribosylpyrophosphate synthetase / complex / filament | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 5-Phosphoribose 1-diphosphate biosynthesis / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / ribose phosphate diphosphokinase complex / ribose-phosphate diphosphokinase / ribose phosphate diphosphokinase activity / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / pentose-phosphate shunt / purine nucleotide biosynthetic process / nucleobase-containing compound metabolic process / kinase activity ...5-Phosphoribose 1-diphosphate biosynthesis / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / ribose phosphate diphosphokinase complex / ribose-phosphate diphosphokinase / ribose phosphate diphosphokinase activity / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / pentose-phosphate shunt / purine nucleotide biosynthetic process / nucleobase-containing compound metabolic process / kinase activity / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å | |||||||||
データ登録者 | Lu, G.M. / Hu, H.H. / Liu, J.L. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Biosci / 年: 2023 タイトル: Structural basis of human PRPS2 filaments. 著者: Guang-Ming Lu / Huan-Huan Hu / Chia-Chun Chang / Jiale Zhong / Xian Zhou / Chen-Jun Guo / Tianyi Zhang / Yi-Lan Li / Boqi Yin / Ji-Long Liu / 要旨: BACKGROUND: PRPP synthase (PRPS) transfers the pyrophosphate groups from ATP to ribose-5-phosphate to produce 5-phosphate ribose-1-pyrophosphate (PRPP), a key intermediate in the biosynthesis of ...BACKGROUND: PRPP synthase (PRPS) transfers the pyrophosphate groups from ATP to ribose-5-phosphate to produce 5-phosphate ribose-1-pyrophosphate (PRPP), a key intermediate in the biosynthesis of several metabolites including nucleotides, dinucleotides and some amino acids. There are three PRPS isoforms encoded in human genome. While human PRPS1 (hPRPS1) and human PRPS2 (hPRPS2) are expressed in most tissues, human PRPS3 (hPRPS3) is exclusively expressed in testis. Although hPRPS1 and hPRPS2 share 95% sequence identity, hPRPS2 has been shown to be less sensitive to allosteric inhibition and specifically upregulated in certain cancers in the translational level. Recent studies demonstrate that PRPS can form a subcellular compartment termed the cytoophidium in multiple organisms across prokaryotes and eukaryotes. Forming filaments and cytoophidia is considered as a distinctive mechanism involving the polymerization of the protein. Previously we solved the filament structures of Escherichia coli PRPS (ecPRPS) using cryo-electron microscopy (cryo-EM) . RESULTS: Order to investigate the function and molecular mechanism of hPRPS2 polymerization, here we solve the polymer structure of hPRPS2 at 3.08 Å resolution. hPRPS2 hexamers stack into polymers ...RESULTS: Order to investigate the function and molecular mechanism of hPRPS2 polymerization, here we solve the polymer structure of hPRPS2 at 3.08 Å resolution. hPRPS2 hexamers stack into polymers in the conditions with the allosteric/competitive inhibitor ADP. The binding modes of ADP at the canonical allosteric site and at the catalytic active site are clearly determined. A point mutation disrupting the inter-hexamer interaction prevents hPRPS2 polymerization and results in significantly reduced catalytic activity. CONCLUSION: Findings suggest that the regulation of hPRPS2 polymer is distinct from ecPRPS polymer and provide new insights to the regulation of hPRPS2 with structural basis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yk1.cif.gz | 434.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yk1.ent.gz | 285.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yk1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/7yk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/7yk1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 33883MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35640.969 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRPS2 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P11908, ribose-phosphate diphosphokinase #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-ADP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Filament structure of human phosphoribosylpyrophosphate synthetase2. タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2403 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3.1_beta / カテゴリ: 粒子像選択 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 681672 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 140303 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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