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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y8t | ||||||
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タイトル | Structure of Cas7-11-crRNA in complex with TPR-CHAT | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM/RNA / Immune / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, S. / Guo, M. / Zhu, Y. / Huang, Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of the type III-E CRISPR-Cas effector gRAMP in complex with TPR-CHAT. 著者: Shuo Wang / Minghui Guo / Yuwei Zhu / Zhiying Lin / Zhiwei Huang / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7y8t.cif.gz | 435.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7y8t.ent.gz | 340 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7y8t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7y8t_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7y8t_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7y8t_validation.xml.gz | 62.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7y8t_validation.cif.gz | 93.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/7y8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/7y8t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33685MC 7y8yC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82549.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) 遺伝子: SCABRO_02601 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B0EKL4 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 197823.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) 遺伝子: SCABRO_02597 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B0EGF3 | ||
#3: RNA鎖 | 分子量: 11768.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) | ||
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114630 / 対称性のタイプ: POINT |