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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y8a | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem I | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Cryptophyte / Photosystem I / evolution | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plastid / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plastid / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chroomonas placoidea (真核生物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, L.S. / Zhang, Y.Z. / Liu, L.N. / Li, K. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Plant Cell / 年: 2023 タイトル: Structural basis and evolution of the photosystem I-light-harvesting supercomplex of cryptophyte algae. 著者: Long-Sheng Zhao / Peng Wang / Kang Li / Quan-Bao Zhang / Fei-Yu He / Chun-Yang Li / Hai-Nan Su / Xiu-Lan Chen / Lu-Ning Liu / Yu-Zhong Zhang / 要旨: Cryptophyte plastids originated from a red algal ancestor through secondary endosymbiosis. Cryptophyte photosystem I (PSI) associates with transmembrane alloxanthin-chlorophyll a/c proteins (ACPIs) ...Cryptophyte plastids originated from a red algal ancestor through secondary endosymbiosis. Cryptophyte photosystem I (PSI) associates with transmembrane alloxanthin-chlorophyll a/c proteins (ACPIs) as light-harvesting complexes (LHCs). Here, we report the structure of the photosynthetic PSI-ACPI supercomplex from the cryptophyte Chroomonas placoidea at 2.7-Å resolution obtained by crygenic electron microscopy. Cryptophyte PSI-ACPI represents a unique PSI-LHCI intermediate in the evolution from red algal to diatom PSI-LHCI. The PSI-ACPI supercomplex is composed of a monomeric PSI core containing 14 subunits, 12 of which originated in red algae, 1 diatom PsaR homolog, and an additional peptide. The PSI core is surrounded by 14 ACPI subunits that form 2 antenna layers: an inner layer with 11 ACPIs surrounding the PSI core and an outer layer containing 3 ACPIs. A pigment-binding subunit that is not present in any other previously characterized PSI-LHCI complexes, ACPI-S, mediates the association and energy transfer between the outer and inner ACPIs. The extensive pigment network of PSI-ACPI ensures efficient light harvesting, energy transfer, and dissipation. Overall, the PSI-LHCI structure identified in this study provides a framework for delineating the mechanisms of energy transfer in cryptophyte PSI-LHCI and for understanding the evolution of photosynthesis in the red lineage, which occurred via secondary endosymbiosis. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7y8a.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7y8a.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7y8a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7y8a_validation.pdf.gz | 16.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7y8a_full_validation.pdf.gz | 17.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7y8a_validation.xml.gz | 229.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7y8a_validation.cif.gz | 285.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/7y8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/7y8a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33683MC 7y7bC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 16種, 16分子 123456789CORXZab
#1: タンパク質 | 分子量: 23479.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 23400.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) |
#3: タンパク質 | 分子量: 24966.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) |
#4: タンパク質 | 分子量: 23548.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) |
#5: タンパク質 | 分子量: 24055.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) |
#6: タンパク質 | 分子量: 22688.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) |
#7: タンパク質 | 分子量: 24550.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) |
#8: タンパク質 | 分子量: 23700.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) |
#9: タンパク質 | 分子量: 23223.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) |
#12: タンパク質 | 分子量: 8743.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI25, photosystem I |
#21: タンパク質 | 分子量: 16253.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) |
#22: タンパク質 | 分子量: 13867.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) |
#23: タンパク質 | 分子量: 13975.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Authors do not know how the coordinates align with the sequence and the residue numbering is arbitrary. 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) |
#24: タンパク質 | 分子量: 25645.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) |
#25: タンパク質 | 分子量: 22270.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) |
#26: タンパク質 | 分子量: 23755.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) |
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB
#10: タンパク質 | 分子量: 83493.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AIB4, photosystem I |
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#11: タンパク質 | 分子量: 82219.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI95, photosystem I |
-Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 8分子 DEFIJKLM
#13: タンパク質 | 分子量: 15590.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AIA6 |
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#14: タンパク質 | 分子量: 7352.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AIF3 |
#15: タンパク質 | 分子量: 20393.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI52 |
#16: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3975.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI78 |
#17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4862.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI55 |
#18: タンパク質 | 分子量: 8836.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI34 |
#19: タンパク質 | 分子量: 16490.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI68 |
#20: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3247.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI28 |
-糖 , 2種, 5分子
#36: 糖 | #39: 糖 | |
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-非ポリマー , 11種, 352分子
#27: 化合物 | ChemComp-CLA / #28: 化合物 | ChemComp-KC2 / #29: 化合物 | ChemComp-II0 / ( #30: 化合物 | #31: 化合物 | ChemComp-IHT / ( #32: 化合物 | ChemComp-LMG / #33: 化合物 | ChemComp-LHG / #34: 化合物 | #35: 化合物 | ChemComp-8CT / ( #37: 化合物 | #38: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: photosystem I of cryptophyte / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#26 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Chroomonas placoidea (真核生物) |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 118810 / 対称性のタイプ: POINT |