+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y63 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | ApoSIDT2-pH7.4 | ||||||
要素 | SID1 transmembrane family member 2 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleic acid transmembrane transporter activity / AP-1 adaptor complex binding / RNA transmembrane transporter activity / AP-2 adaptor complex binding / RNA transport / type B pancreatic cell development / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / type B pancreatic cell proliferation / RNA catabolic process / response to glucose ...nucleic acid transmembrane transporter activity / AP-1 adaptor complex binding / RNA transmembrane transporter activity / AP-2 adaptor complex binding / RNA transport / type B pancreatic cell development / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / type B pancreatic cell proliferation / RNA catabolic process / response to glucose / cell morphogenesis / double-stranded RNA binding / glucose homeostasis / lysosome / lysosomal membrane / DNA binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å | ||||||
データ登録者 | Gong, D.S. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural insight into the human SID1 transmembrane family member 2 reveals its lipid hydrolytic activity. 著者: Dandan Qian / Ye Cong / Runhao Wang / Quan Chen / Chuangye Yan / Deshun Gong / 要旨: The systemic RNAi-defective (SID) transmembrane family member 2 (SIDT2) is a putative nucleic acid channel or transporter that plays essential roles in nucleic acid transport and lipid metabolism. ...The systemic RNAi-defective (SID) transmembrane family member 2 (SIDT2) is a putative nucleic acid channel or transporter that plays essential roles in nucleic acid transport and lipid metabolism. Here, we report the cryo-electron microscopy (EM) structures of human SIDT2, which forms a tightly packed dimer with extensive interactions mediated by two previously uncharacterized extracellular/luminal β-strand-rich domains and the unique transmembrane domain (TMD). The TMD of each SIDT2 protomer contains eleven transmembrane helices (TMs), and no discernible nucleic acid conduction pathway has been identified within the TMD, suggesting that it may act as a transporter. Intriguingly, TM3-6 and TM9-11 form a large cavity with a putative catalytic zinc atom coordinated by three conserved histidine residues and one aspartate residue lying approximately 6 Å from the extracellular/luminal surface of the membrane. Notably, SIDT2 can hydrolyze C18 ceramide into sphingosine and fatty acid with a slow rate. The information presented advances the understanding of the structure-function relationships in the SID1 family proteins. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7y63.cif.gz | 231.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7y63.ent.gz | 184 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7y63.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7y63_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7y63_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7y63_validation.xml.gz | 50 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7y63_validation.cif.gz | 73.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/7y63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/7y63 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33632MC 7y68C 7y69C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 94539.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIDT2, CGI-40, PSEC0072, UNQ685/PRO1325 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NBJ9 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 化合物 | #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: dimer of SIDT2 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 183937 / 対称性のタイプ: POINT |