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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xya | ||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of an AlpA-loading complex | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / Antitermination / RNA polymerase / Transcription regulation / Antiterminator / Transcription termination | ||||||
機能・相同性 | ![]() sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
![]() | Wen, A. / Feng, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of AlpA-dependent transcription antitermination. 著者: Aijia Wen / Minxing Zhao / Sha Jin / Yuan-Qiang Lu / Yu Feng / ![]() 要旨: AlpA positively regulates a programmed cell death pathway linked to the virulence of Pseudomonas aeruginosa by recognizing an AlpA binding element within the promoter, then binding RNA polymerase ...AlpA positively regulates a programmed cell death pathway linked to the virulence of Pseudomonas aeruginosa by recognizing an AlpA binding element within the promoter, then binding RNA polymerase directly and allowing it to bypass an intrinsic terminator positioned downstream. Here, we report the single-particle cryo-electron microscopy structures of both an AlpA-loading complex and an AlpA-loaded complex. These structures indicate that the C-terminal helix-turn-helix motif of AlpA binds to the AlpA binding element and that the N-terminal segment of AlpA forms a narrow ring inside the RNA exit channel. AlpA was also revealed to render RNAP resistant to termination signals by prohibiting RNA hairpin formation in the RNA exit channel. Structural analysis predicted that AlpA, 21Q, λQ and 82Q share the same mechanism of transcription antitermination. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 712.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 543.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 95.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 149.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 33515MC ![]() 7xybC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 36694.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: rpoA, PA4238 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 151037.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: rpoB, PA4270 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 154595.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: rpoC, PA4269 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 9783.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: rpoZ, PA5337 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 2種, 2分子 FG
#5: タンパク質 | 分子量: 69742.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: rpoD, rpoDA, PA0576 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#9: タンパク質 | 分子量: 20315.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#6: DNA鎖 | 分子量: 19159.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 19230.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 2分子 R![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#10: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#7: RNA鎖 | 分子量: 3756.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: AlpA-loading complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 62 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64002 / 対称性のタイプ: POINT |