PDB-7xuh: Down-regulated in adenoma in complex with TQR1122

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xuh

タイトル

Down-regulated in adenoma in complex with TQR1122

要素

Chloride anion exchanger

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Inhibitor / Transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective SLC26A3 causes congenital secretory chloride diarrhea 1 (DIAR1) / Multifunctional anion exchangers / sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / intracellular pH elevation / chloride:bicarbonate antiporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / membrane hyperpolarization / bicarbonate transmembrane transporter activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å

データ登録者

Li, X.R. / Chi, X.M. / Zhang, Y.Y. / Zhou, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: structure of human SLC26A3 in complex with TQR1122
著者: Li, X.R. / Chi, X.M. / Zhang, Y.Y. / Zhou, Q.

履歴

登録	2022年5月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月3日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xuh.cif.gz	254.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xuh.ent.gz	207.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xuh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xuh_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xuh_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7xuh_validation.xml.gz	46.2 KB	表示
CIF形式データ	7xuh_validation.cif.gz	68.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/7xuh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/7xuh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	33469MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Chloride anion exchanger

B: Chloride anion exchanger

ヘテロ分子

174 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Chloride anion exchanger / Down-regulated in adenoma / Protein DRA / Solute carrier family 26 member 3 分子量: 84591.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC26A3, DRA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40879
#2: 化合物	ChemComp-I2L / 2-[4,8-dimethyl-2-oxidanylidene-7-[[3-(trifluoromethyl)phenyl]methoxy]chromen-3-yl]ethanoic acid 分子量: 406.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₇F₃O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト分子量: 486.726 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₅₀O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Down-regulated in adenoma / タイプ: CELL / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 960010 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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