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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xtg | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Listeria monocytogenes man-PTS complexed with pediocin PA-1 | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Bacteriocin / PTS / ManYZ / ManY / ManZ / transporter / Mannose / PROTEIN TRANSPORT / Listeria monocytogenes / Pediococcus acidilactici / Latilactobacillus sakei / Mannose Phosphotransferase System / Man-PTS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacteriocin immunity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pediococcus acidilactici (バクテリア) Latilactobacillus sakei (バクテリア) Listeria monocytogenes (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Zeng, J.W. / Wang, J.W. / Zhu, L.Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Appl Environ Microbiol / 年: 2022 タイトル: Structural Basis of the Immunity Mechanisms of Pediocin-like Bacteriocins. 著者: Liyan Zhu / Jianwei Zeng / Jiawei Wang / 要旨: Pediocin-like bacteriocins, also designated class IIa bacteriocins, are ribosomally synthesized antimicrobial peptides targeting species closely related to the producers. They act on the cytoplasmic ...Pediocin-like bacteriocins, also designated class IIa bacteriocins, are ribosomally synthesized antimicrobial peptides targeting species closely related to the producers. They act on the cytoplasmic membrane of Gram-positive cells by dissipating the transmembrane electrical potential through pore formation with the mannose phosphotransferase system (man-PTS) as the target/receptor. Bacteriocin-producing strains also synthesize a cognate immunity protein that protects them against their own bacteriocins. Herein, we report the cryo-electron microscopy structure of the bacteriocin-receptor-immunity ternary complex from Lactobacillus sakei. The complex structure reveals that pediocin-like bacteriocins bind to the same position on the Core domain of man-PTS, while the C-terminal helical tails of bacteriocins delimit the opening range of the Core domain away from the Vmotif domain to facilitate transmembrane pore formation. Upon attack of bacteriocins from the extracellular side, man-PTS exposes its cytosolic side for recognition of the N-terminal four-helix bundle of the immunity protein. The C-terminal loop of the immunity protein then inserts into the pore and blocks leakage induced by bacteriocins. Elucidation of the toxicity and immunity mechanisms of pediocin-like bacteriocins could support the design of novel bacteriocins against antibiotic-resistant pathogenic bacteria. Pediocin-like bacteriocins, ribosomally synthesized antimicrobial peptides, are generally co-expressed with cognate immunity proteins to protect the bacteriocin-producing strain from its own bacteriocin. Bacteriocins are considered potential alternatives to conventional antibiotics in the context of the bacterial resistance crisis, but the immunity mechanism is unclear. This study uncovered the mechanisms of action and immunity of class IIa bacteriocins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xtg.cif.gz | 337.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xtg.ent.gz | 278.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xtg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xtg_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xtg_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xtg_validation.xml.gz | 65.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xtg_validation.cif.gz | 96.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/7xtg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/7xtg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33448MC 7xnoC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4444.088 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pediococcus acidilactici (バクテリア) 遺伝子: curA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A311 #2: タンパク質 | 分子量: 10213.867 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Latilactobacillus sakei (バクテリア) 遺伝子: saiA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q48864 #3: タンパク質 | 分子量: 25461.646 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: manY, levF, CW750_06585, GJ664_06230, LAS9624_02106, LSAJ64_0482 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A094YUG1 #4: タンパク質 | 分子量: 33000.723 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: levG, manZ, CW750_06590, GJ664_06235, LAS9624_02107, LSAJ64_0483 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A094XZA1 #5: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of Listeria monocytogenes man-PTS complexed with pediocin PA-1 and sakacin-A immunity factor タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 178777 / 対称性のタイプ: POINT |