+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xqp | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PSI-LHCI-LHCII-Lhcb9 supercomplex of Physcomitrella patens | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Supercomplex / Membrane protein / State transitions | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthesis, light harvesting / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane ...photosynthesis, light harvesting / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Physcomitrium patens (植物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, S. / Tang, K.L. / Li, X.Y. / Wang, W.D. / Yan, Q.J. / Shen, L.L. / Kuang, T.Y. / Han, G.Y. / Shen, J.R. / Zhang, X. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023 タイトル: Structural insights into a unique PSI-LHCI-LHCII-Lhcb9 supercomplex from moss Physcomitrium patens. 著者: Song Zhang / Kailu Tang / Qiujing Yan / Xingyue Li / Liangliang Shen / Wenda Wang / Yi-Kun He / Tingyun Kuang / Guangye Han / Jian-Ren Shen / Xing Zhang / 要旨: Photosystem I (PSI) possesses a variable supramolecular organization among different photosynthetic organisms to adapt to different light environments. Mosses are evolutionary intermediates that ...Photosystem I (PSI) possesses a variable supramolecular organization among different photosynthetic organisms to adapt to different light environments. Mosses are evolutionary intermediates that diverged from aquatic green algae and evolved into land plants. The moss Physcomitrium patens (P. patens) has a light-harvesting complex (LHC) superfamily more diverse than those of green algae and higher plants. Here, we solved the structure of a PSI-LHCI-LHCII-Lhcb9 supercomplex from P. patens at 2.68 Å resolution using cryo-electron microscopy. This supercomplex contains one PSI-LHCI, one phosphorylated LHCII trimer, one moss-specific LHC protein, Lhcb9, and one additional LHCI belt with four Lhca subunits. The complete structure of PsaO was observed in the PSI core. One Lhcbm2 in the LHCII trimer interacts with PSI core through its phosphorylated N terminus, and Lhcb9 mediates assembly of the whole supercomplex. The complicated pigment arrangement provided important information for possible energy-transfer pathways from the peripheral antennae to the PSI core. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xqp.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7xqp.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xqp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xqp_validation.pdf.gz | 19.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7xqp_full_validation.pdf.gz | 20.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xqp_validation.xml.gz | 279.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xqp_validation.cif.gz | 340.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/7xqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/7xqp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33401MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 82313.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: Q8MFA3, photosystem I |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 82316.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: Q8MFA2, photosystem I |
-タンパク質 , 9種, 9分子 CDEFGHKLO
#3: タンパク質 | 分子量: 8649.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: Q6YXQ2, photosystem I |
---|---|
#4: タンパク質 | 分子量: 15654.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1JKF2 |
#5: タンパク質 | 分子量: 6895.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1IKE2 |
#6: タンパク質 | 分子量: 17465.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1J0L9 |
#7: タンパク質 | 分子量: 10564.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1JC42 |
#8: タンパク質 | 分子量: 10468.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A9SL09 |
#11: タンパク質 | 分子量: 8088.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1KU02 |
#12: タンパク質 | 分子量: 17346.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1IAD0 |
#14: タンパク質 | 分子量: 9863.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1JDE1 |
-Photosystem I reaction center subunit ... , 3種, 3分子 IJM
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3791.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: Q6YXR3 |
---|---|
#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4597.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: Q6YXM2 |
#13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3412.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: Q6YXK4 |
-Chlorophyll a-b binding protein, ... , 6種, 12分子 152637489abc
#15: タンパク質 | 分子量: 20833.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1KU97 #16: タンパク質 | 分子量: 23039.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1K0C7 #17: タンパク質 | 分子量: 23606.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1KGQ2 #18: タンパク質 | 分子量: 22521.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1K0E4 #19: タンパク質 | | 分子量: 24760.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1KKR9 #20: タンパク質 | 分子量: 24457.379 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A9RT62 |
---|
-糖 , 2種, 6分子
#26: 糖 | ChemComp-LMU / #27: 糖 | ChemComp-DGD / | |
---|
-非ポリマー , 10種, 358分子
#21: 化合物 | ChemComp-CLA / #22: 化合物 | #23: 化合物 | ChemComp-LHG / #24: 化合物 | ChemComp-BCR / #25: 化合物 | #28: 化合物 | ChemComp-LMG / #29: 化合物 | ChemComp-CHL / #30: 化合物 | ChemComp-LUT / ( #31: 化合物 | ChemComp-XAT / ( #32: 化合物 | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PSI-LHCI-LHCII-Lhcb9 supercomplex of Physcomitrella patens タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Physcomitrium patens (植物) |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 78 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 2.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83777 / 対称性のタイプ: POINT |