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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xpf | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the T=3 lake sinai virus 2 virus-like capsid at pH 8.5 | ||||||
要素 | Capsid protein alpha | ||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE | ||||||
機能・相同性 | Viral coat protein subunit / Capsid protein alpha 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lake Sinai virus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, N.C. / Wang, C.H. / Chen, C.J. / Yoshimura, M. / Guan, H.H. / Chuankhayan, P. / Lin, C.C. | ||||||
資金援助 | 台湾, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structures of honeybee-infecting Lake Sinai virus reveal domain functions and capsid assembly with dynamic motions. 著者: Nai-Chi Chen / Chun-Hsiung Wang / Masato Yoshimura / Yi-Qi Yeh / Hong-Hsiang Guan / Phimonphan Chuankhayan / Chien-Chih Lin / Pei-Ju Lin / Yen-Chieh Huang / Soichi Wakatsuki / Meng-Chiao Ho / Chun-Jung Chen / 要旨: Understanding the structural diversity of honeybee-infecting viruses is critical to maintain pollinator health and manage the spread of diseases in ecology and agriculture. We determine cryo-EM ...Understanding the structural diversity of honeybee-infecting viruses is critical to maintain pollinator health and manage the spread of diseases in ecology and agriculture. We determine cryo-EM structures of T = 4 and T = 3 capsids of virus-like particles (VLPs) of Lake Sinai virus (LSV) 2 and delta-N48 LSV1, belonging to tetraviruses, at resolutions of 2.3-2.6 Å in various pH environments. Structural analysis shows that the LSV2 capsid protein (CP) structural features, particularly the protruding domain and C-arm, differ from those of other tetraviruses. The anchor loop on the central β-barrel domain interacts with the neighboring subunit to stabilize homo-trimeric capsomeres during assembly. Delta-N48 LSV1 CP interacts with ssRNA via the rigid helix α1', α1'-α1 loop, β-barrel domain, and C-arm. Cryo-EM reconstructions, combined with X-ray crystallographic and small-angle scattering analyses, indicate that pH affects capsid conformations by regulating reversible dynamic particle motions and sizes of LSV2 VLPs. C-arms exist in all LSV2 and delta-N48 LSV1 VLPs across varied pH conditions, indicating that autoproteolysis cleavage is not required for LSV maturation. The observed linear domino-scaffold structures of various lengths, made up of trapezoid-shape capsomeres, provide a basis for icosahedral T = 4 and T = 3 architecture assemblies. These findings advance understanding of honeybee-infecting viruses that can cause Colony Collapse Disorder. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xpf.cif.gz | 236 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xpf.ent.gz | 192.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xpf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xpf_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xpf_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xpf_validation.xml.gz | 52.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xpf_validation.cif.gz | 75.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/7xpf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/7xpf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33372MC 7xpaC 7xpbC 7xpdC 7xpeC 7xpgC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57344.309 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lake Sinai virus 2 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8TEV4 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Lake Sinai virus 2 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Lake Sinai virus 2 (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2720 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 250 nm |
撮影 | 電子線照射量: 46 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 19860 | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19860 / 対称性のタイプ: POINT |