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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xlm | ||||||
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タイトル | Human diastrophic dysplasia sulfate transporter SLC26A2 | ||||||
要素 | Sulfate transporter | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Transporter / sulfate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective SLC26A2 causes chondrodysplasias / sulfate transmembrane transport / Multifunctional anion exchangers / Transport and synthesis of PAPS / sulfate transport / sulfate transmembrane transporter activity / chondrocyte proliferation / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity ...Defective SLC26A2 causes chondrodysplasias / sulfate transmembrane transport / Multifunctional anion exchangers / Transport and synthesis of PAPS / sulfate transport / sulfate transmembrane transporter activity / chondrocyte proliferation / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / bicarbonate transmembrane transporter activity / chloride transmembrane transporter activity / microvillus membrane / chondrocyte differentiation / ossification / apical plasma membrane / extracellular exosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å | ||||||
データ登録者 | Chi, X.M. / Zhou, Q. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Dian Zi Xian Wei Xue Bao / 年: 2023 タイトル: Structure of human diastrophic dysplasia sulfate transporter SLC26A2 著者: Chi, X.M. / Li, X.R. / Huang, B.D. / Zhou, Q. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xlm.cif.gz | 217.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xlm.ent.gz | 170.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xlm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xlm_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xlm_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xlm_validation.xml.gz | 40.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xlm_validation.cif.gz | 60.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/7xlm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/7xlm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33284MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88273.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC26A2, DTD, DTDST / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P50443 #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human diastrophic dysplasia sulfate transporter SLC26A2 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.13 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 395589 / 対称性のタイプ: POINT |