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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xgr | ||||||
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タイトル | Structure of Gemin5 C-terminal region (protomer) | ||||||
要素 | Gem-associated protein 5 | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / RNA binding / TPR repeats / decamer / RNA translation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SMN-Gemin2 complex / Gemini of coiled bodies / SMN complex / U4atac snRNA binding / snRNA binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / U4 snRNA binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding ...SMN-Gemin2 complex / Gemini of coiled bodies / SMN complex / U4atac snRNA binding / snRNA binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / U4 snRNA binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / mRNA 3'-UTR binding / mRNA splicing, via spliceosome / ribosome binding / regulation of translation / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / protein-containing complex assembly / nuclear body / translation / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, Q. / Zhao, S. / Zhang, K. / Xu, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis for Gemin5 decamer-mediated mRNA binding. 著者: Qiong Guo / Shidong Zhao / Rosario Francisco-Velilla / Jiahai Zhang / Azman Embarc-Buh / Salvador Abellan / Mengqi Lv / Peiping Tang / Qingguo Gong / Huaizong Shen / Linfeng Sun / Xuebiao Yao ...著者: Qiong Guo / Shidong Zhao / Rosario Francisco-Velilla / Jiahai Zhang / Azman Embarc-Buh / Salvador Abellan / Mengqi Lv / Peiping Tang / Qingguo Gong / Huaizong Shen / Linfeng Sun / Xuebiao Yao / Jinrong Min / Yunyu Shi / Encarnacion Martínez-Salas / Kaiming Zhang / Chao Xu / 要旨: Gemin5 in the Survival Motor Neuron (SMN) complex serves as the RNA-binding protein to deliver small nuclear RNAs (snRNAs) to the small nuclear ribonucleoprotein Sm complex via its N-terminal WD40 ...Gemin5 in the Survival Motor Neuron (SMN) complex serves as the RNA-binding protein to deliver small nuclear RNAs (snRNAs) to the small nuclear ribonucleoprotein Sm complex via its N-terminal WD40 domain. Additionally, the C-terminal region plays an important role in regulating RNA translation by directly binding to viral RNAs and cellular mRNAs. Here, we present the three-dimensional structure of the Gemin5 C-terminal region, which adopts a homodecamer architecture comprised of a dimer of pentamers. By structural analysis, mutagenesis, and RNA-binding assays, we find that the intact pentamer/decamer is critical for the Gemin5 C-terminal region to bind cognate RNA ligands and to regulate mRNA translation. The Gemin5 high-order architecture is assembled via pentamerization, allowing binding to RNA ligands in a coordinated manner. We propose a model depicting the regulatory role of Gemin5 in selective RNA binding and translation. Therefore, our work provides insights into the SMN complex-independent function of Gemin5. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xgr.cif.gz | 142 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xgr.ent.gz | 103.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xgr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xgr_validation.pdf.gz | 929.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xgr_full_validation.pdf.gz | 936.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7xgr_validation.xml.gz | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xgr_validation.cif.gz | 38.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/7xgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/7xgr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33187MC 7xdtC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75893.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GEMIN5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TEQ6 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Gemin5 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 750 kDa/nm / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8709340 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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