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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xg1 | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of type IV-A Csf-crRNA binary complex | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/RNA / Nuclease / STRUCTURAL PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, J.T. / Cui, N. / Huang, H.D. / Jia, N. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2023 タイトル: Type IV-A CRISPR-Csf complex: Assembly, dsDNA targeting, and CasDinG recruitment 著者: Cui, N. / Zhang, J.T. / Liu, Y. / Liu, Y. / Liu, X.Y. / Wang, C. / Huang, H. / Jia, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xg1.cif.gz | 373.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xg1.ent.gz | 292 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xg1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xg1_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xg1_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xg1_validation.xml.gz | 66.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xg1_validation.cif.gz | 99.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/7xg1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/7xg1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33182MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28675.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 24421.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||
#3: タンパク質 | 分子量: 37322.234 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #4: RNA鎖 | | 分子量: 19837.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #5: 化合物 | ChemComp-ZN / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25016 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |