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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xec | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human ABCD1 E630Q in the presence of ATP in inward-facing state 2 | ||||||||||||
要素 | ATP-binding cassette sub-family D member 1 | ||||||||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / membrane protein / complex / ligand | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type fatty-acyl-CoA transporter activity / peroxisomal membrane transport / very long-chain fatty-acyl-CoA catabolic process / very long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / positive regulation of unsaturated fatty acid biosynthetic process / Linoleic acid (LA) metabolism / Defective ABCD1 causes ALD / alpha-linolenic acid metabolic process / long-chain fatty acid catabolic process / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism ...ABC-type fatty-acyl-CoA transporter activity / peroxisomal membrane transport / very long-chain fatty-acyl-CoA catabolic process / very long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / positive regulation of unsaturated fatty acid biosynthetic process / Linoleic acid (LA) metabolism / Defective ABCD1 causes ALD / alpha-linolenic acid metabolic process / long-chain fatty acid catabolic process / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / long-chain fatty acid import into peroxisome / very long-chain fatty acid catabolic process / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / regulation of fatty acid beta-oxidation / very long-chain fatty acid metabolic process / sterol homeostasis / Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome organization / regulation of mitochondrial depolarization / ABC transporters in lipid homeostasis / fatty acyl-CoA hydrolase activity / myelin maintenance / regulation of cellular response to oxidative stress / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / linoleic acid metabolic process / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / regulation of oxidative phosphorylation / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / fatty acid elongation / peroxisomal membrane / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / fatty acid beta-oxidation / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / fatty acid homeostasis / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / neuron projection maintenance / mitochondrial membrane / ADP binding / peroxisome / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Chao, X. / Li-Na, J. / Lin, T. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Signal Transduct Target Ther / 年: 2023 タイトル: Structural insights into substrate recognition and translocation of human peroxisomal ABC transporter ALDP. 著者: Chao Xiong / Li-Na Jia / Wei-Xi Xiong / Xin-Tong Wu / Liu-Lin Xiong / Ting-Hua Wang / Dong Zhou / Zhen Hong / Zheng Liu / Lin Tang / 要旨: Dysfunctions of ATP-binding cassette, subfamily D, member 1 (ABCD1) cause X-linked adrenoleukodystrophy, a rare neurodegenerative disease that affects all human tissues. Residing in the peroxisome ...Dysfunctions of ATP-binding cassette, subfamily D, member 1 (ABCD1) cause X-linked adrenoleukodystrophy, a rare neurodegenerative disease that affects all human tissues. Residing in the peroxisome membrane, ABCD1 plays a role in the translocation of very long-chain fatty acids for their β-oxidation. Here, the six cryo-electron microscopy structures of ABCD1 in four distinct conformational states were presented. In the transporter dimer, two transmembrane domains form the substrate translocation pathway, and two nucleotide-binding domains form the ATP-binding site that binds and hydrolyzes ATP. The ABCD1 structures provide a starting point for elucidating the substrate recognition and translocation mechanism of ABCD1. Each of the four inward-facing structures of ABCD1 has a vestibule that opens to the cytosol with variable sizes. Hexacosanoic acid (C26:0)-CoA substrate binds to the transmembrane domains (TMDs) and stimulates the ATPase activity of the nucleotide-binding domains (NBDs). W339 from the transmembrane helix 5 (TM5) is essential for binding substrate and stimulating ATP hydrolysis by substrate. ABCD1 has a unique C-terminal coiled-coil domain that negatively modulates the ATPase activity of the NBDs. Furthermore, the structure of ABCD1 in the outward-facing state indicates that ATP molecules pull the two NBDs together and open the TMDs to the peroxisomal lumen for substrate release. The five structures provide a view of the substrate transport cycle and mechanistic implication for disease-causing mutations. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xec.cif.gz | 218.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xec.ent.gz | 174.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xec.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xec_validation.pdf.gz | 909.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xec_full_validation.pdf.gz | 921 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7xec_validation.xml.gz | 37.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xec_validation.cif.gz | 56.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/7xec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/7xec | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33155MC 7x07C 7x0tC 7x0zC 7x1wC 7yrqC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 83039.875 Da / 分子数: 2 / 変異: E630Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCD1, ALD / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P33897, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ...参照: UniProt: P33897, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う #2: 化合物 | ChemComp-ATP / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of human ABCD1 E630Q in the presence of ATP in inward-facing state タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 66.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3010722 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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