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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xe4 | ||||||
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タイトル | structure of a membrane-bound glycosyltransferase | ||||||
要素 | 1,3-beta-glucan synthase component FKS1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / membrane protein / glycosyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fungal-type cell wall polysaccharide biosynthetic process / 1,3-beta-glucan synthase / 1,3-beta-D-glucan synthase activity / (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process / 1,3-beta-D-glucan synthase complex / fungal-type cell wall biogenesis / cellular bud / ascospore wall assembly / cellular bud tip / fungal-type cell wall ...fungal-type cell wall polysaccharide biosynthetic process / 1,3-beta-glucan synthase / 1,3-beta-D-glucan synthase activity / (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process / 1,3-beta-D-glucan synthase complex / fungal-type cell wall biogenesis / cellular bud / ascospore wall assembly / cellular bud tip / fungal-type cell wall / actin cortical patch / cellular bud neck / regulation of cell size / positive regulation of endocytosis / cell periphery / mitochondrion / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Hu, X.L. / Yang, P. / Zhang, M. / Liu, X.T. / Yu, H.J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Structural and mechanistic insights into fungal β-1,3-glucan synthase FKS1. 著者: Xinlin Hu / Ping Yang / Changdong Chai / Jia Liu / Huanhuan Sun / Yanan Wu / Mingjie Zhang / Min Zhang / Xiaotian Liu / Hongjun Yu / 要旨: The membrane-integrated synthase FKS is involved in the biosynthesis of β-1,3-glucan, the core component of the fungal cell wall. FKS is the target of widely prescribed antifungal drugs, including ...The membrane-integrated synthase FKS is involved in the biosynthesis of β-1,3-glucan, the core component of the fungal cell wall. FKS is the target of widely prescribed antifungal drugs, including echinocandin and ibrexafungerp. Unfortunately, the mechanism of action of FKS remains enigmatic and this has hampered development of more effective medicines targeting the enzyme. Here we present the cryo-electron microscopy structures of Saccharomyces cerevisiae FKS1 and the echinocandin-resistant mutant FKS1(S643P). These structures reveal the active site of the enzyme at the membrane-cytoplasm interface and a glucan translocation path spanning the membrane bilayer. Multiple bound lipids and notable membrane distortions are observed in the FKS1 structures, suggesting active FKS1-membrane interactions. Echinocandin-resistant mutations are clustered at a region near TM5-6 and TM8 of FKS1. The structure of FKS1(S643P) reveals altered lipid arrangements in this region, suggesting a drug-resistant mechanism of the mutant enzyme. The structures, the catalytic mechanism and the molecular insights into drug-resistant mutations of FKS1 revealed in this study advance the mechanistic understanding of fungal β-1,3-glucan biosynthesis and establish a foundation for developing new antifungal drugs by targeting FKS. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xe4.cif.gz | 289.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xe4.ent.gz | 231.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xe4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xe4_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xe4_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xe4_validation.xml.gz | 49.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xe4_validation.cif.gz | 74.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/7xe4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/7xe4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33154MC 7yuyC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 F
#1: タンパク質 | 分子量: 215076.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38631, 1,3-beta-glucan synthase |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 6種, 25分子
#3: 化合物 | ChemComp-DD9 / #4: 化合物 | ChemComp-D10 / #5: 化合物 | ChemComp-C14 / | #6: 化合物 | ChemComp-HP6 / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-XKP / ( | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: membrane-bound glycosyltransferase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.215 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1100 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 267574 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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