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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xc2 | ||||||
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タイトル | Cryo EM structure of oligomeric complex formed by wheat CNL Sr35 and the effector AvrSr35 of the wheat stem rust pathogen | ||||||
要素 |
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キーワード | PLANT PROTEIN/INHIBITOR / LRR / CC / direct recognition / PLANT PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Triticum monococcum (植物) Puccinia graminis f. sp. tritici (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Alexander, F. / Li, E.T. / Aaron, L. / Deng, Y.N. / Sun, Y. / Chai, J.J. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: A wheat resistosome defines common principles of immune receptor channels. 著者: Alexander Förderer / Ertong Li / Aaron W Lawson / Ya-Nan Deng / Yue Sun / Elke Logemann / Xiaoxiao Zhang / Jie Wen / Zhifu Han / Junbiao Chang / Yuhang Chen / Paul Schulze-Lefert / Jijie Chai / 要旨: Plant intracellular nucleotide-binding leucine-rich repeat receptors (NLRs) detect pathogen effectors to trigger immune responses. Indirect recognition of a pathogen effector by the dicotyledonous ...Plant intracellular nucleotide-binding leucine-rich repeat receptors (NLRs) detect pathogen effectors to trigger immune responses. Indirect recognition of a pathogen effector by the dicotyledonous Arabidopsis thaliana coiled-coil domain containing NLR (CNL) ZAR1 induces the formation of a large hetero-oligomeric protein complex, termed the ZAR1 resistosome, which functions as a calcium channel required for ZAR1-mediated immunity. Whether the resistosome and channel activities are conserved among plant CNLs remains unknown. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the wheat CNL Sr35 in complex with the effector AvrSr35 of the wheat stem rust pathogen. Direct effector binding to the leucine-rich repeats of Sr35 results in the formation of a pentameric Sr35-AvrSr35 complex, which we term the Sr35 resistosome. Wheat Sr35 and Arabidopsis ZAR1 resistosomes bear striking structural similarities, including an arginine cluster in the leucine-rich repeats domain not previously recognized as conserved, which co-occurs and forms intramolecular interactions with the 'EDVID' motif in the coiled-coil domain. Electrophysiological measurements show that the Sr35 resistosome exhibits non-selective cation channel activity. These structural insights allowed us to generate new variants of closely related wheat and barley orphan NLRs that recognize AvrSr35. Our data support the evolutionary conservation of CNL resistosomes in plants and demonstrate proof of principle for structure-based engineering of NLRs for crop improvement. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xc2.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xc2.ent.gz | 884.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xc2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xc2_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xc2_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xc2_validation.xml.gz | 161.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xc2_validation.cif.gz | 249.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/7xc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/7xc2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33112MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 102046.242 Da / 分子数: 5 / 変異: N151Q, I450V, I618V, I864S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum monococcum (植物) / 遺伝子: Sr35 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: S5ABD6 #2: タンパク質 | 分子量: 50511.480 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Puccinia graminis f. sp. tritici (菌類) 遺伝子: AvrSr35 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A2I6B3G6 #3: 化合物 | ChemComp-ATP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / 粒子像の数: 230485 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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