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万見
- PDB-7x7r: Cryo-EM structure of a bacterial protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x7r
タイトルCryo-EM structure of a bacterial protein
要素
  • RAMP superfamily protein
  • RNA (36-MER)
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*G)-3')
キーワードRNA/RNA BINDING PROTEIN / Complex / RNA-binding / RNA BINDING PROTEIN / RNA-RNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yu, G. / Wang, X. / Deng, Z. / Zhang, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071218 中国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Structure and function of a bacterial type III-E CRISPR-Cas7-11 complex.
著者: Guimei Yu / Xiaoshen Wang / Yi Zhang / Qiyin An / Yanan Wen / Xuzichao Li / Hang Yin / Zengqin Deng / Heng Zhang /
要旨: The type III-E CRISPR-Cas system uses a single multidomain effector called Cas7-11 (also named gRAMP) to cleave RNA and associate with a caspase-like protease Csx29, showing promising potential for ...The type III-E CRISPR-Cas system uses a single multidomain effector called Cas7-11 (also named gRAMP) to cleave RNA and associate with a caspase-like protease Csx29, showing promising potential for RNA-targeting applications. The structural and molecular mechanisms of the type III-E CRISPR-Cas system remain poorly understood. Here we report four cryo-electron microscopy structures of Cas7-11 at different functional states. Cas7-11 has four Cas7-like domains, which assemble into a helical filament to accommodate CRISPR RNA (crRNA), and a Cas11-like domain facilitating crRNA-target RNA duplex formation. The Cas7.1 domain is critical for crRNA maturation, whereas Cas7.2 and Cas7.3 are responsible for target RNA cleavage. Target RNA binding induces the structural arrangements of Csx29, potentially exposing the catalytic site of Csx29. These results delineate the molecular mechanisms underlying pre-crRNA processing, target RNA recognition and cleavage for Cas7-11, and provide a structural framework to understand the role of Csx29 in type III-E CRISPR system.
履歴
登録2022年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: RNA (36-MER)
J: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*G)-3')
A: RAMP superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,3507
ポリマ－224,0883
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: RNA鎖 RNA (36-MER)


分子量: 11439.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*G)-3')


分子量: 14898.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: タンパク質 RAMP superfamily protein


分子量: 197749.766 Da / 分子数: 1 / Mutation: T456A, D698A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
遺伝子: SCABRO_02597 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: binary complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: No further treatment.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 4735053
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 225696 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00210889
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56315036
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.3791996
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041701
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031726

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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