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万見
- PDB-7x7m: Lumazine Synthase from Aquifex aeolicus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x7m
タイトルLumazine Synthase from Aquifex aeolicus
要素6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
キーワードTRANSFERASE / Thermostable Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lumazine synthase / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
類似検索 - ドメイン・相同性
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Sobhy, M.A. / Hamdan, S.M.
資金援助 サウジアラビア, 1件
組織認可番号国
Other privateURF/1/3764-01-01 サウジアラビア
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2022
タイトル: Cryo-electron structures of the extreme thermostable enzymes Sulfur Oxygenase Reductase and Lumazine Synthase.
著者: Mohamed A Sobhy / Lingyun Zhao / Dalaver Anjum / Ali Behzad / Masateru Takahashi / Muhammad Tehseen / Alfredo De Biasio / Rachid Sougrat / Samir Hamdan /
要旨: Thermostable enzymes have the potential for use in a wide variety of biotechnological applications. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) enables the imaging of biomolecules in their native aqueous ...Thermostable enzymes have the potential for use in a wide variety of biotechnological applications. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) enables the imaging of biomolecules in their native aqueous environment. Here, we present high resolution cryo-EM structures of two thermostable enzymes that exhibit multimeric cage-like structures arranged into two different point-group symmetries. First, we determined the structure of the Sulfur Oxygenase Reductase (SOR) enzyme that catalyzes both the oxygenation and disproportionation of elemental sulfur in Archea and is composed of 24 homomeric units each of MW ≃ 35 kDa arranged in octahedral symmetry. The structure of SOR from Acidianus ambivalens (7X9W) was determined at 2.78 Å resolution. The active site of each subunit inside the central nanocompartment is composed of Fe3+ coordinated to two water molecules and the three amino acids (H86, H90 and E114). Second, we determined the structure of Lumazine Synthase (LS) from Aquifex aeolicus (7X7M) at 2.33 Å resolution. LS forms a cage-like structure consisting of 60 identical subunits each of MW ≃ 15 kDa arranged in a strict icosahedral symmetry. The LS subunits are interconnected by ion-pair network. Due to their thermostability and relatively easy purification scheme, both SOR and LS can serve as a model for the catalytic and structural characterization of biocatalysts as well as a benchmark for cryo-EM sample preparation, optimization of the acquisition parameters and 3D reconstruction.
履歴
登録2022年3月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年6月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
F: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
Q: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
b: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
m: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
x: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
G: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
R: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
c: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
n: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
y: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
H: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
S: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
d: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
o: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
z: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
I: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
T: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
e: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
p: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
0: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
J: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
U: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
f: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
q: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
1: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
K: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
V: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
g: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
r: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
2: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
L: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
W: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
h: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
s: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
3: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
M: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
X: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
i: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
t: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
4: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
N: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
Y: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
j: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
u: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
5: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
O: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
Z: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
k: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
v: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
6: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
P: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
a: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
l: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
w: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
7: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,003,63260
ポリマ－1,003,63260
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / DMRL synthase / LS / Lumazine synthase


分子量: 16727.201 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: ribH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O66529, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CryoEM structure of Lumazine synthase composed of 60 identical subunits
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris hydrochlorideTris.HCl1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K
詳細: The purified protein was applied to the glow discharged grids inside the chamber, blotted for a duration of 1.5 s, and then plunge-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 70 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: RELION / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 344110
詳細: particles were selected by LoG picking from 1516 micrographs
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103328 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00771700
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69596900
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.02410020
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05411220
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00612540

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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