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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x3x | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of N1 nucleosome-RA | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING/DNA / PROTEIN BINDING-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Isw1b complex / Isw1 complex / Isw1a complex / nucleolar chromatin / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / negative regulation of RNA export from nucleus / negative regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / DNA-templated transcription elongation / regulation of chromatin organization / rDNA binding ...Isw1b complex / Isw1 complex / Isw1a complex / nucleolar chromatin / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / negative regulation of RNA export from nucleus / negative regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / DNA-templated transcription elongation / regulation of chromatin organization / rDNA binding / sister chromatid cohesion / ATP-dependent chromatin remodeler activity / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase I transcription / nucleosome binding / ATP-dependent activity, acting on DNA / helicase activity / mRNA 3'-UTR binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / response to heat / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Lifei, L. / Kangjing, C. / Chen, Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structure of the ISW1a complex bound to the dinucleosome. 著者: Lifei Li / Kangjing Chen / Youyang Sia / Pengjing Hu / Youpi Ye / Zhucheng Chen / 要旨: Nucleosomes are basic repeating units of chromatin and form regularly spaced arrays in cells. Chromatin remodelers alter the positions of nucleosomes and are vital in regulating chromatin ...Nucleosomes are basic repeating units of chromatin and form regularly spaced arrays in cells. Chromatin remodelers alter the positions of nucleosomes and are vital in regulating chromatin organization and gene expression. Here we report the cryo-EM structure of chromatin remodeler ISW1a complex from Saccharomyces cerevisiae bound to the dinucleosome. Each subunit of the complex recognizes a different nucleosome. The motor subunit binds to the mobile nucleosome and recognizes the acidic patch through two arginine residues, while the DNA-binding module interacts with the entry DNA at the nucleosome edge. This nucleosome-binding mode provides the structural basis for linker DNA sensing of the motor. Notably, the Ioc3 subunit recognizes the disk face of the adjacent nucleosome through interacting with the H4 tail, the acidic patch and the nucleosomal DNA, which plays a role in the spacing activity in vitro and in nucleosome organization and cell fitness in vivo. Together, these findings support the nucleosome spacing activity of ISW1a and add a new mode of nucleosome remodeling in the context of a chromatin environment. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x3x.cif.gz | 313.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x3x.ent.gz | 224.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x3x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7x3x_validation.pdf.gz | 787.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7x3x_full_validation.pdf.gz | 821 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7x3x_validation.xml.gz | 33.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7x3x_validation.cif.gz | 52.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/7x3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/7x3x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 9分子 AEBFCGDHV
#1: タンパク質 | 分子量: 15435.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: XELAEV_18002543mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A310TTQ1 #2: タンパク質 | 分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799 #3: タンパク質 | 分子量: 14109.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: h2ac14.L, h2ac14, hist1h2aj / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8 #4: タンパク質 | 分子量: 13965.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281 #7: タンパク質 | | 分子量: 123301.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: ISW1, YBR245C, YBR1633 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P38144, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 45154.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 45265.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 392 kDa/nm / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 170126 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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