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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x3k | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of RAC in the State C2 RNC-RAC complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLATION / RAC / co-translational folding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translational frameshifting / 'de novo' cotranslational protein folding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / protein folding chaperone complex / chaperone cofactor-dependent protein refolding / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / heat shock protein binding / protein folding chaperone / Hsp70 protein binding ...translational frameshifting / 'de novo' cotranslational protein folding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / protein folding chaperone complex / chaperone cofactor-dependent protein refolding / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / heat shock protein binding / protein folding chaperone / Hsp70 protein binding / ATP-dependent protein folding chaperone / rRNA processing / unfolded protein binding / protein folding / ribosome binding / protein refolding / cytoplasmic translation / transcription coactivator activity / intracellular signal transduction / ribosome / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Y. / Gao, N. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural remodeling of ribosome associated Hsp40-Hsp70 chaperones during co-translational folding. 著者: Yan Chen / Bin Tsai / Ningning Li / Ning Gao / 要旨: Ribosome associated complex (RAC), an obligate heterodimer of HSP40 and HSP70 (Zuo1 and Ssz1 in yeast), is conserved in eukaryotes and functions as co-chaperone for another HSP70 (Ssb1/2 in yeast) to ...Ribosome associated complex (RAC), an obligate heterodimer of HSP40 and HSP70 (Zuo1 and Ssz1 in yeast), is conserved in eukaryotes and functions as co-chaperone for another HSP70 (Ssb1/2 in yeast) to facilitate co-translational folding of nascent polypeptides. Many mechanistic details, such as the coordination of one HSP40 with two HSP70s and the dynamic interplay between RAC-Ssb and growing nascent chains, remain unclear. Here, we report three sets of structures of RAC-containing ribosomal complexes isolated from Saccharomyces cerevisiae. Structural analyses indicate that RAC on the nascent-chain-free ribosome is in an autoinhibited conformation, and in the presence of a nascent chain at the peptide tunnel exit (PTE), RAC undergoes large-scale structural remodeling to make Zuo1 J-Domain more accessible to Ssb. Our data also suggest a role of Zuo1 in orienting Ssb-SBD proximal to the PTE for easy capture of the substrate. Altogether, in accordance with previous data, our work suggests a sequence of structural remodeling events for RAC-Ssb during co-translational folding, triggered by the binding and passage of growing nascent chain from one to another. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x3k.cif.gz | 149.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x3k.ent.gz | 114.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x3k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7x3k_validation.pdf.gz | 948.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7x3k_full_validation.pdf.gz | 954.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7x3k_validation.xml.gz | 36.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7x3k_validation.cif.gz | 51.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/7x3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/7x3k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 32991MC 7x34C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49109.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ZUO1, YGR285C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32527 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 58301.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SSZ1, PDR13, YHR064C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38788 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RAC in the State C2 RNC-RAC complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl Acetate |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 47 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29800 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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