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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x0x | ||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Arabidopsis CRY2 in active conformation | ||||||
要素 | Cryptochrome-2 | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / Cryptochrome / Photoreceptor / Photosignaling | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 flavin adenine dinucleotide metabolic process / long-day photoperiodism, flowering / response to absence of light / response to strigolactone / regulation of meristem growth / regulation of leaf morphogenesis / circadian regulation of calcium ion oscillation / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / regulation of photoperiodism, flowering / positive regulation of flower development ...flavin adenine dinucleotide metabolic process / long-day photoperiodism, flowering / response to absence of light / response to strigolactone / regulation of meristem growth / regulation of leaf morphogenesis / circadian regulation of calcium ion oscillation / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / regulation of photoperiodism, flowering / positive regulation of flower development / regulation of flower development / blue light signaling pathway / phototropism / stomatal movement / response to blue light / blue light photoreceptor activity / response to water deprivation / plant-type vacuole / response to light stimulus / FAD binding / regulation of circadian rhythm / PML body / circadian rhythm / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / chromatin organization / defense response to virus / nuclear body / chromatin remodeling / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis (植物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å | ||||||
データ登録者 | Hao, Y.H. / Zhang, X. / Zhang, P. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Plant Commun / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the CRY2 and CIB1 fragment complex provides insights into CIB1-mediated photosignaling. 著者: Yahui Hao / Xue Zhang / Yaqi Liu / Miaolian Ma / Xiaowei Huang / Hongtao Liu / Peng Zhang / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x0x.cif.gz | 465.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x0x.ent.gz | 362.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x0x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7x0x_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7x0x_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7x0x_validation.xml.gz | 58 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7x0x_validation.cif.gz | 85.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 32928MC 7x0yC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69425.789 Da / 分子数: 4 / 変異: W374A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Arabidopsis (植物) / 遺伝子: CRY2, PHH1, SEL20, At1g04400, F19P19.14 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q96524 #2: 化合物 | ChemComp-FAD / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Tetrameric complex of Arabidosis CRY2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis (植物) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 244515 / 対称性のタイプ: POINT |