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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wuv | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of sNS1 hexamer | ||||||
要素 | Core protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / NS1 protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / viral capsid / double-stranded RNA binding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / viral capsid / double-stranded RNA binding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8 Å | ||||||
データ登録者 | Shu, B. / Ooi, J.S.G. / Lok, S.M. | ||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: CryoEM structures of the multimeric secreted NS1, a major factor for dengue hemorrhagic fever. 著者: Bo Shu / Justin S G Ooi / Aaron W K Tan / Thiam-Seng Ng / Wanwisa Dejnirattisai / Juthathip Mongkolsapaya / Guntur Fibriansah / Jian Shi / Victor A Kostyuchenko / Gavin R Screaton / Shee-Mei Lok / 要旨: Dengue virus infection can cause dengue hemorrhagic fever (DHF). Dengue NS1 is multifunctional. The intracellular dimeric NS1 (iNS1) forms part of the viral replication complex. Previous studies ...Dengue virus infection can cause dengue hemorrhagic fever (DHF). Dengue NS1 is multifunctional. The intracellular dimeric NS1 (iNS1) forms part of the viral replication complex. Previous studies suggest the extracellular secreted NS1 (sNS1), which is a major factor contributing to DHF, exists as hexamers. The structure of the iNS1 is well-characterised but not that of sNS1. Here we show by cryoEM that the recombinant sNS1 exists in multiple oligomeric states: the tetrameric (stable and loose conformation) and hexameric structures. Stability of the stable and loose tetramers is determined by the conformation of their N-terminal domain - elongated β-sheet or β-roll. Binding of an anti-NS1 Fab breaks the loose tetrameric and hexameric sNS1 into dimers, whereas the stable tetramer remains largely unbound. Our results show detailed quaternary organization of different oligomeric states of sNS1 and will contribute towards the design of dengue therapeutics. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wuv.cif.gz | 63.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wuv.ent.gz | 38.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wuv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wuv_validation.pdf.gz | 745.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7wuv_full_validation.pdf.gz | 745.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7wuv_validation.xml.gz | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wuv_validation.cif.gz | 38.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/7wuv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/7wuv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 32843MC 7wurC 7wusC 7wutC 7wuuC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34838.719 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: H9M640, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: NS1 Hexamer / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 81.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37422 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5GS6 Accession code: 5GS6 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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