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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wju | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the AsCas12f1-sgRNAv1-dsDNA ternary complex | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / CRISPR / targeting / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Acidibacillus sulfuroxidans (バクテリア) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wu, Z. / Liu, D. / Shen, H. / Ji, Q. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure-directed functional evolution of the miniature CRISPR-AsCas12f1 system 著者: Wu, Z. / Liu, D. / Pan, D. / Shen, H. / Ji, Q. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wju.cif.gz | 201.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wju.ent.gz | 150.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wju.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wju_validation.pdf.gz | 825.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7wju_full_validation.pdf.gz | 831.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7wju_validation.xml.gz | 24.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wju_validation.cif.gz | 38 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/7wju ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/7wju | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 32548MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48719.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acidibacillus sulfuroxidans (バクテリア) 遺伝子: BM613_13600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U3D0N8 #2: RNA鎖 | | 分子量: 61643.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | | 分子量: 9260.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) #4: DNA鎖 | | 分子量: 1840.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1770878 / 対称性のタイプ: POINT |