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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7we6 | ||||||
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タイトル | Structure of Csy-AcrIF24-dsDNA | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / complex / inhibitor / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, L. / Feng, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Insights into the inhibition of type I-F CRISPR-Cas system by a multifunctional anti-CRISPR protein AcrIF24. 著者: Lingguang Yang / Laixing Zhang / Peipei Yin / Hao Ding / Yu Xiao / Jianwei Zeng / Wenhe Wang / Huan Zhou / Qisheng Wang / Yi Zhang / Zeliang Chen / Maojun Yang / Yue Feng / 要旨: CRISPR-Cas systems are prokaryotic adaptive immune systems and phages use anti-CRISPR proteins (Acrs) to counteract these systems. Here, we report the structures of AcrIF24 and its complex with the ...CRISPR-Cas systems are prokaryotic adaptive immune systems and phages use anti-CRISPR proteins (Acrs) to counteract these systems. Here, we report the structures of AcrIF24 and its complex with the crRNA-guided surveillance (Csy) complex. The HTH motif of AcrIF24 can bind the Acr promoter region and repress its transcription, suggesting its role as an Aca gene in self-regulation. AcrIF24 forms a homodimer and further induces dimerization of the Csy complex. Apart from blocking the hybridization of target DNA to the crRNA, AcrIF24 also induces the binding of non-sequence-specific dsDNA to the Csy complex, similar to AcrIF9, although this binding seems to play a minor role in AcrIF24 inhibitory capacity. Further structural and biochemical studies of the Csy-AcrIF24-dsDNA complexes and of AcrIF24 mutants reveal that the HTH motif of AcrIF24 and the PAM recognition loop of the Csy complex are structural elements essential for this non-specific dsDNA binding. Moreover, AcrIF24 and AcrIF9 display distinct characteristics in inducing non-specific DNA binding. Together, our findings highlight a multifunctional Acr and suggest potential wide distribution of Acr-induced non-specific DNA binding. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7we6.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7we6.ent.gz | 872.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7we6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7we6_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7we6_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7we6_validation.xml.gz | 155.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7we6_validation.cif.gz | 248.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/7we6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/7we6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 16分子 BLCDEFGHMNOPQRUV
#1: タンパク質 | 分子量: 36244.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: csy2, ALP65_00953, EQH76_13810, NCTC13437_01526, PACL_0128 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3G161 #2: タンパク質 | 分子量: 37623.324 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: IPC1505_30680, IPC36_28835 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A659BSG0 #4: タンパク質 | 分子量: 24995.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-Type I-F CRISPR-associated ... , 2種, 4分子 ISAX
#3: タンパク質 | 分子量: 21429.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: cas6f, DT376_16430, PA52Ts2_3640 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C6F3X3 #6: タンパク質 | 分子量: 49313.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: csy1, ALP65_00954, IPC1505_30690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3A8DDU9 |
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-RNA鎖 , 1種, 2分子 JT
#5: RNA鎖 | 分子量: 19265.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 313291946 |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 YKZW
#7: DNA鎖 | 分子量: 16574.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1910818228 #8: DNA鎖 | 分子量: 16708.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1910818228 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Csy-AcrIF24 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 474421 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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