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- PDB-7wbx: RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, ... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7wbx
タイトルRNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-3) of the nucleosome
要素
  • (DNA (198-MER)) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 3
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 2
  • (RNA polymerase II ...) x 4
  • (RNA polymerase subunit ABC10- ...) x 2
  • (Transcription elongation factor ...) x 3
  • Histone H2A type 1-B/E
  • Histone H2B type 1-J
  • Histone H3.3
  • Histone H4
  • RNA (5'-R(P*UP*CP*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*G)-3')
  • RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
キーワードTRANSCRIPTION / RNA / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / mating-type region heterochromatin / regulation of septum digestion after cytokinesis / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / co-transcriptional lncRNA 3' end processing, cleavage and polyadenylation pathway / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / Barr body / RNA polymerase I core binding / DSIF complex ...negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / mating-type region heterochromatin / regulation of septum digestion after cytokinesis / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / co-transcriptional lncRNA 3' end processing, cleavage and polyadenylation pathway / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / Barr body / RNA polymerase I core binding / DSIF complex / regulation of rRNA processing / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / intracellular mRNA localization / negative regulation of chromosome condensation / rDNA binding / rDNA heterochromatin / inner kinetochore / pericentric heterochromatin formation / RPB4-RPB7 complex / muscle cell differentiation / intracellular phosphate ion homeostasis / snRNP binding / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / U4 snRNA binding / oocyte maturation / transcription elongation factor activity / chromatin-protein adaptor activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nucleosomal DNA binding / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / nucleus organization / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / spliceosomal complex assembly / RNA polymerase II complex binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of translational initiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U5 snRNA binding / spermatid development / 7-methylguanosine mRNA capping / U6 snRNA binding / U2 snRNA binding / single fertilization / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / subtelomeric heterochromatin formation / U1 snRNA binding / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I complex / pericentric heterochromatin / RNA polymerase III complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / negative regulation of megakaryocyte differentiation / transcription by RNA polymerase I / protein localization to CENP-A containing chromatin / translesion synthesis / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / transcription-coupled nucleotide-excision repair / Packaging Of Telomere Ends / translation initiation factor binding / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / embryo implantation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / positive regulation of autophagy / telomere organization / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / RNA Polymerase I Promoter Opening / Inhibition of DNA recombination at telomere / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Meiotic synapsis / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / transcription elongation factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / negative regulation of autophagy / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / innate immune response in mucosa / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Gyrase A; domain 2 - #140 ...Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Gyrase A; domain 2 - #140 / : / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / Enzyme I; Chain A, domain 2 / NusG, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / Gyrase A; domain 2 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / S1 domain profile. / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Transcription elongation factor SPT4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 ...DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Transcription elongation factor SPT4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerase II subunit B32 / Transcription elongation factor SPT5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerase II subunit B12.5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase subunit ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit / Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / Histone H4 / Histone H3.3
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii (菌類)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Osumi, K. / Kujirai, T. / Ehara, H. / Sekine, S. / Takizawa, Y. / Kurumizaka, H.
資金援助 日本, 9件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H03201 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19K06522 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20K15711 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05534 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H00449 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05690 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR16G1 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101076 日本
Japan Science and TechnologyJPMJER1901 日本
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structural Basis of Damaged Nucleotide Recognition by Transcribing RNA Polymerase II in the Nucleosome.
著者: Ken Osumi / Tomoya Kujirai / Haruhiko Ehara / Mitsuo Ogasawara / Chiaki Kinoshita / Mika Saotome / Wataru Kagawa / Shun-Ichi Sekine / Yoshimasa Takizawa / Hitoshi Kurumizaka /
要旨: In transcription-coupled repair (TCR), transcribing RNA polymerase II (RNAPII) stalls at a DNA lesion and recruits TCR proteins to the damaged site. However, the mechanism by which RNAPII recognizes ...In transcription-coupled repair (TCR), transcribing RNA polymerase II (RNAPII) stalls at a DNA lesion and recruits TCR proteins to the damaged site. However, the mechanism by which RNAPII recognizes a DNA lesion in the nucleosome remains enigmatic. In the present study, we inserted an apurinic/apyrimidinic DNA lesion analogue, tetrahydrofuran (THF), in the nucleosomal DNA, where RNAPII stalls at the SHL(-4), SHL(-3.5), and SHL(-3) positions, and determined the structures of these complexes by cryo-electron microscopy. In the RNAPII-nucleosome complex stalled at SHL(-3.5), the nucleosome orientation relative to RNAPII is quite different from those in the SHL(-4) and SHL(-3) complexes, which have nucleosome orientations similar to naturally paused RNAPII-nucleosome complexes. Furthermore, we found that an essential TCR protein, Rad26 (CSB), enhances the RNAPII processivity, and consequently augments the DNA damage recognition efficiency of RNAPII in the nucleosome. The cryo-EM structure of the Rad26-RNAPII-nucleosome complex revealed that Rad26 binds to the stalled RNAPII through a novel interface, which is completely different from those previously reported. These structures may provide important information to understand the mechanism by which RNAPII recognizes the nucleosomal DNA lesion and recruits TCR proteins to the stalled RNAPII on the nucleosome.
履歴
登録2021年12月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
D: RNA polymerase II subunit B32
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
G: RNA polymerase II subunit
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase subunit
J: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III
K: RNA polymerase II subunit B12.5
L: RNA polymerase subunit ABC10-alpha
M: Transcription elongation factor 1 homolog
N: DNA (198-MER)
P: RNA (5'-R(P*UP*CP*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*G)-3')
T: DNA (198-MER)
V: Transcription elongation factor SPT4
W: Transcription elongation factor SPT5
a: Histone H3.3
b: Histone H4
c: Histone H2A type 1-B/E
d: Histone H2B type 1-J
e: Histone H3.3
f: Histone H4
g: Histone H2A type 1-B/E
h: Histone H2B type 1-J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)876,32437
ポリマ－875,64526
非ポリマー67811
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 194107.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R4Y0, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 139746.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: PAS_chr2-1_0125 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: C4QZQ7, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 13612.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: F2QPE6

-
RNA polymerase II ... , 4種, 4分子 CDGK

#3: タンパク質 RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core


分子量: 34216.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R7L2
#4: タンパク質 RNA polymerase II subunit B32


分子量: 20622.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R2U9
#7: タンパク質 RNA polymerase II subunit


分子量: 18802.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R9A1
#11: タンパク質 RNA polymerase II subunit B12.5


分子量: 13832.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R3Z5

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 EH

#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1


分子量: 24962.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R3P8
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 16249.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R273

-
タンパク質 , 5種, 9分子 Faebfcgdh

#6: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III


分子量: 17803.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R1V1
#19: タンパク質 Histone H3.3


分子量: 15643.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H3F3A, H3.3A, H3F3, PP781, H3F3B, H3.3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84243
#20: タンパク質 Histone H4


分子量: 11676.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: H4C1, H4/A, H4FA, HIST1H4A, H4C2, H4/I, H4FI, HIST1H4B, H4C3, H4/G, H4FG, HIST1H4C, H4C4, H4/B, H4FB, HIST1H4D, H4C5, H4/J, H4FJ, HIST1H4E, H4C6, H4/C, H4FC, HIST1H4F, H4C8, H4/H, H4FH, ...遺伝子: H4C1, H4/A, H4FA, HIST1H4A, H4C2, H4/I, H4FI, HIST1H4B, H4C3, H4/G, H4FG, HIST1H4C, H4C4, H4/B, H4FB, HIST1H4D, H4C5, H4/J, H4FJ, HIST1H4E, H4C6, H4/C, H4FC, HIST1H4F, H4C8, H4/H, H4FH, HIST1H4H, H4C9, H4/M, H4FM, HIST1H4I, H4C11, H4/E, H4FE, HIST1H4J, H4C12, H4/D, H4FD, HIST1H4K, H4C13, H4/K, H4FK, HIST1H4L, H4C14, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4A, H4C15, H4/O, H4FO, HIST2H4B, H4-16, HIST4H4
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62805
#21: タンパク質 Histone H2A type 1-B/E / Histone H2A.2 / Histone H2A/a / Histone H2A/m


分子量: 14447.825 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2AC4, H2AFM, HIST1H2AB, H2AC8, H2AFA, HIST1H2AE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04908
#22: タンパク質 Histone H2B type 1-J / Histone H2B.1 / Histone H2B.r / H2B/r


分子量: 14217.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2BC11, H2BFR, HIST1H2BJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06899

-
RNA polymerase subunit ABC10- ... , 2種, 2分子 JL

#10: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III


分子量: 8554.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R009
#12: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC10-alpha


分子量: 7862.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: F2QMI1

-
Transcription elongation factor ... , 3種, 3分子 MVW

#13: タンパク質 Transcription elongation factor 1 homolog


分子量: 12606.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: PAS_c121_0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4QZ45
#17: タンパク質 Transcription elongation factor SPT4


分子量: 12039.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: PAS_chr2-1_0350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R0E6
#18: タンパク質 Transcription elongation factor SPT5 / Chromatin Elongation factor SPT5 / Transcription elongation factor spt5


分子量: 101459.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: PAS_chr3_1136 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R370

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#14: DNA鎖 DNA (198-MER)


分子量: 61381.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#16: DNA鎖 DNA (198-MER)


分子量: 60845.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#15: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*CP*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*G)-3')


分子量: 4968.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 11分子

#23: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#24: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-3) of the nucleosomeCOMPLEX#1-#220MULTIPLE SOURCES
2RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5COMPLEX#1-#13, #17-#181NATURAL
3HistoneCOMPLEX#19-#221RECOMBINANT
4DNA, RNACOMPLEX#14-#161SYNTHETIC
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Komagataella pastoris (菌類)460519
32Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 57.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38079 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00448624
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.53366979
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.3098760
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.047513
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0047566

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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