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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w7p | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of gMCM8/9 helicase | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / MCM8/9 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Activation of ATR in response to replication stress / CDC6 association with the ORC:origin complex / Activation of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / MCM8-MCM9 complex / MCM complex / DNA duplex unwinding / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / single-stranded DNA binding ...Activation of ATR in response to replication stress / CDC6 association with the ORC:origin complex / Activation of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / MCM8-MCM9 complex / MCM complex / DNA duplex unwinding / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / single-stranded DNA binding / DNA helicase / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, J.F. / Weng, Z.F. / Liu, Y.F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2023 タイトル: Structural and mechanistic insights into the MCM8/9 helicase complex. 著者: Zhuangfeng Weng / Jiefu Zheng / Yiyi Zhou / Zuer Lu / Yixi Wu / Dongyi Xu / Huanhuan Li / Huanhuan Liang / Yingfang Liu / 要旨: MCM8 and MCM9 form a functional helicase complex (MCM8/9) that plays an essential role in DNA homologous recombination repair for DNA double-strand break. However, the structural characterization of ...MCM8 and MCM9 form a functional helicase complex (MCM8/9) that plays an essential role in DNA homologous recombination repair for DNA double-strand break. However, the structural characterization of MCM8/9 for DNA binding/unwinding remains unclear. Here, we report structures of the MCM8/9 complex using cryo-electron microscopy single particle analysis. The structures reveal that MCM8/9 is arranged into a heterohexamer through a threefold symmetry axis, creating a central channel that accommodates DNA. Multiple characteristic hairpins from the N-terminal oligosaccharide/oligonucleotide (OB) domains of MCM8/9 protrude into the central channel and serve to unwind the duplex DNA. When activated by HROB, the structure of MCM8/9's N-tier ring converts its symmetry from to with a conformational change that expands the MCM8/9's trimer interface. Moreover, our structural dynamic analyses revealed that the flexible C-tier ring exhibited rotary motions relative to the N-tier ring, which is required for the unwinding ability of MCM8/9. In summary, our structural and biochemistry study provides a basis for understanding the DNA unwinding mechanism of MCM8/9 helicase in homologous recombination. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w7p.cif.gz | 290.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w7p.ent.gz | 238.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w7p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7w7p_validation.pdf.gz | 872.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7w7p_full_validation.pdf.gz | 901.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7w7p_validation.xml.gz | 49 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7w7p_validation.cif.gz | 73.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/7w7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/7w7p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 32346MC 7yoxC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30774.307 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: MCM9 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: I0IUP4, DNA helicase #2: タンパク質 | 分子量: 34714.797 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: MCM8, RCJMB04_5o15 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: I0IUP3, DNA helicase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Minichromosome maintenance 8 and 9 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 190119 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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