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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7voy | ||||||
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タイトル | Rba sphaeroides PufX-KO RC-LH1 | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Photosystem / Complex / Mutant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||
データ登録者 | Bracun, L. / Yamagata, A. / Liu, L.N. / Shirouzu, M. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis for the assembly and quinone transport mechanisms of the dimeric photosynthetic RC-LH1 supercomplex. 著者: Peng Cao / Laura Bracun / Atsushi Yamagata / Bern M Christianson / Tatsuki Negami / Baohua Zou / Tohru Terada / Daniel P Canniffe / Mikako Shirouzu / Mei Li / Lu-Ning Liu / 要旨: The reaction center (RC) and light-harvesting complex 1 (LH1) form a RC-LH1 core supercomplex that is vital for the primary reactions of photosynthesis in purple phototrophic bacteria. Some species ...The reaction center (RC) and light-harvesting complex 1 (LH1) form a RC-LH1 core supercomplex that is vital for the primary reactions of photosynthesis in purple phototrophic bacteria. Some species possess the dimeric RC-LH1 complex with a transmembrane polypeptide PufX, representing the largest photosynthetic complex in anoxygenic phototrophs. However, the details of the architecture and assembly mechanism of the RC-LH1 dimer are unclear. Here we report seven cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of RC-LH1 supercomplexes from Rhodobacter sphaeroides. Our structures reveal that two PufX polypeptides are positioned in the center of the S-shaped RC-LH1 dimer, interlocking association between the components and mediating RC-LH1 dimerization. Moreover, we identify another transmembrane peptide, designated PufY, which is located between the RC and LH1 subunits near the LH1 opening. PufY binds a quinone molecule and prevents LH1 subunits from completely encircling the RC, creating a channel for quinone/quinol exchange. Genetic mutagenesis, cryo-EM structures, and computational simulations provide a mechanistic understanding of the assembly and electron transport pathways of the RC-LH1 dimer and elucidate the roles of individual components in ensuring the structural and functional integrity of the photosynthetic supercomplex. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7voy.cif.gz | 582.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7voy.ent.gz | 409.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7voy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7voy_validation.pdf.gz | 4.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7voy_full_validation.pdf.gz | 4.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7voy_validation.xml.gz | 75.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7voy_validation.cif.gz | 111.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/7voy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/7voy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 32062MC 7va9C 7vb9C 7vnmC 7vnyC 7vorC 7votC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-Light-harvesting protein B-875 ... , 2種, 34分子 ADFIKOQSUWY17946CBEGJNPRTVXZ28...
#1: タンパク質 | 分子量: 6816.169 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア) 株: 2.4.1. / 参照: UniProt: Q3J1A4 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5592.361 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア) 株: 2.4.1. / 参照: UniProt: Q3J1A3 |
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-Reaction center protein ... , 3種, 3分子 LMH
#3: タンパク質 | 分子量: 31477.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア) 株: 2.4.1. / 参照: UniProt: Q3J1A5 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 34529.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア) 株: 2.4.1. / 参照: UniProt: Q3J1A6 |
#5: タンパク質 | 分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア) 株: 2.4.1. / 参照: UniProt: Q3J170 |
-非ポリマー , 5種, 44分子
#6: 化合物 | ChemComp-BCL / #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-FE2 / | #10: 化合物 | ChemComp-SPN / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Rhodobacter sphaeroides PufX-KO RC-LH1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア) / 株: PufX-KO |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 46.549 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66058 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 76.57 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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