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万見
- PDB-7vo0: Streptomyces coelicolor zinc uptake regulator complexed with zinc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vo0
タイトルStreptomyces coelicolor zinc uptake regulator complexed with zinc and DNA (trimer of dimers)
要素
  • DNA_NT (84-MER)
  • DNA_T (84-MER)
  • Putative metal uptake regulation protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of secondary metabolite biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferric-uptake regulator, C-terminal domain / Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Metal uptake regulation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
Streptomyces coelicolor A3
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Yang, X. / Zheng, J.
資金援助1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770068, 32070040
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Structural basis of Streptomyces transcription activation by zinc uptake regulator.
著者: Xu Yang / Yiqun Wang / Guiyang Liu / Zixin Deng / Shuangjun Lin / Jianting Zheng /
要旨: Streptomyces coelicolor (Sc) is a model organism of actinobacteria to study morphological differentiation and production of bioactive metabolites. Sc zinc uptake regulator (Zur) affects both ...Streptomyces coelicolor (Sc) is a model organism of actinobacteria to study morphological differentiation and production of bioactive metabolites. Sc zinc uptake regulator (Zur) affects both processes by controlling zinc homeostasis. It activates transcription by binding to palindromic Zur-box sequences upstream of -35 elements. Here we deciphered the molecular mechanism by which ScZur interacts with promoter DNA and Sc RNA polymerase (RNAP) by cryo-EM structures and biochemical assays. The ScZur-DNA structures reveal a sequential and cooperative binding of three ScZur dimers surrounding a Zur-box spaced 8 nt upstream from a -35 element. The ScRNAPσHrdB-Zur-DNA structures define protein-protein and protein-DNA interactions involved in the principal housekeeping σHrdB-dependent transcription initiation from a noncanonical promoter with a -10 element lacking the critical adenine residue at position -11 and a TTGCCC -35 element deviating from the canonical TTGACA motif. ScZur interacts with the C-terminal domain of ScRNAP α subunit (αCTD) in a complex structure trapped in an active conformation. Key ScZur-αCTD interfacial residues accounting for ScZur-dependent transcription activation were confirmed by mutational studies. Together, our structural and biochemical results provide a comprehensive model for transcription activation of Zur family regulators.
履歴
登録2021年10月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA_NT (84-MER)
B: DNA_T (84-MER)
G: Putative metal uptake regulation protein
H: Putative metal uptake regulation protein
K: Putative metal uptake regulation protein
L: Putative metal uptake regulation protein
M: Putative metal uptake regulation protein
N: Putative metal uptake regulation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,42326
ポリマ－153,2468
非ポリマー1,17718
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: DNA鎖 DNA_NT (84-MER)


分子量: 25808.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
参照: GenBank: 24418971
#2: DNA鎖 DNA_T (84-MER)


分子量: 26008.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
#3: タンパク質
Putative metal uptake regulation protein


分子量: 16904.840 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO2508 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L2H5
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Zur-DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 250 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2100 mMKCl1
32 mMDTT1
45 mMMgCl21
520 ?MZnSO41
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
EM imaging
ID加速電圧 (kV)電子線源照射モードモデルモードSpecimen-ID
1300FIELD EMISSION GUNFLOOD BEAMFEI TITAN KRIOSBRIGHT FIELD1
2300FIELD EMISSION GUNFLOOD BEAMFEI TITAN KRIOSBRIGHT FIELD1
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル
111.25GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
221.25GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 84622 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 11.33 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00367958
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.511211151
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03671262
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00331160
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d23.24531706

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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