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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vku | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SAM-Tom40 intermediate complex | ||||||||||||
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![]() | TRANSLOCASE / Mitochondrial protein assembly gate | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / SAM complex / membrane insertase activity / mitochondrial outer membrane translocase complex / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial matrix / phospholipid transport / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity / pore complex ...mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / SAM complex / membrane insertase activity / mitochondrial outer membrane translocase complex / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial matrix / phospholipid transport / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / mitochondrion organization / mitochondrial intermembrane space / protein-containing complex assembly / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
![]() | Takeda, H. / Tsutsumi, A. / Kikkawa, M. / Endo, T. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Author Correction: A multipoint guidance mechanism for β-barrel folding on the SAM complex. 著者: Hironori Takeda / Jon V Busto / Caroline Lindau / Akihisa Tsutsumi / Kentaro Tomii / Kenichiro Imai / Yu Yamamori / Takatsugu Hirokawa / Chie Motono / Iniyan Ganesan / Lena-Sophie Wenz / ...著者: Hironori Takeda / Jon V Busto / Caroline Lindau / Akihisa Tsutsumi / Kentaro Tomii / Kenichiro Imai / Yu Yamamori / Takatsugu Hirokawa / Chie Motono / Iniyan Ganesan / Lena-Sophie Wenz / Thomas Becker / Masahide Kikkawa / Nikolaus Pfanner / Nils Wiedemann / Toshiya Endo / ![]() ![]() | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 220.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 170.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 807.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 825.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 32019MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54473.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SAM50, TOB55, YNL026W, N2802 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 37446.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 37537.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SAM37, MAS37, PET3027, TOM37, YMR060C, YM9796.13C 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 42071.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TOM40, ISP42, MOM38, YMR203W, YM8325.04 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: SAM-Tom40 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23542 / 対称性のタイプ: POINT |