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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vfp | ||||||
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タイトル | Cytochrome c-type biogenesis protein CcmABCD from E. coli in complex with heme and single ATP | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / ATP-binding exporter / Heme transmembrane transporter / Cytochrome c biogenesis protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome c biosynthetic process / heme import across plasma membrane / ABC-type heme transporter / heme transmembrane transporter activity / ABC-type heme transporter activity / cytochrome complex assembly / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / heme binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.03 Å | ||||||
![]() | Li, J. / Zheng, W. / Gu, M. / Zhang, K. / Zhu, J.P. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structures of the CcmABCD heme release complex at multiple states. 著者: Jiao Li / Wan Zheng / Ming Gu / Long Han / Yanmei Luo / Koukou Yu / Mengxin Sun / Yuliang Zong / Xiuxiu Ma / Bing Liu / Ethan P Lowder / Deanna L Mendez / Robert G Kranz / Kai Zhang / Jiapeng Zhu / ![]() ![]() 要旨: Cytochromes c use heme as a cofactor to carry electrons in respiration and photosynthesis. The cytochrome c maturation system I, consisting of eight membrane proteins (CcmABCDEFGH), results in the ...Cytochromes c use heme as a cofactor to carry electrons in respiration and photosynthesis. The cytochrome c maturation system I, consisting of eight membrane proteins (CcmABCDEFGH), results in the attachment of heme to cysteine residues of cytochrome c proteins. Since all c-type cytochromes are periplasmic, heme is first transported to a periplasmic heme chaperone, CcmE. A large membrane complex, CcmABCD has been proposed to carry out this transport and linkage to CcmE, yet the structural basis and mechanisms underlying the process are unknown. We describe high resolution cryo-EM structures of CcmABCD in an unbound form, in complex with inhibitor AMP-PNP, and in complex with ATP and heme. We locate the ATP-binding site in CcmA and the heme-binding site in CcmC. Based on our structures combined with functional studies, we propose a hypothetic model of heme trafficking, heme transfer to CcmE, and ATP-dependent release of holoCcmE from CcmABCD. CcmABCD represents an ABC transporter complex using the energy of ATP hydrolysis for the transfer of heme from one binding partner (CcmC) to another (CcmE). | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 203.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 162 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 31957MC ![]() 7f02C ![]() 7f03C ![]() 7f04C ![]() 7vfjC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AE
#1: タンパク質 | 分子量: 22551.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ccmA / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-Heme exporter protein ... , 3種, 4分子 BFCD
#2: タンパク質 | 分子量: 23632.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ccmB / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 27911.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ccmC / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 7753.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ccmD / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 5分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-HEM / |
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#6: 化合物 | ChemComp-MG / |
#7: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#8: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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由来についての詳細 | Proteins used in this study were derived from Escherichia coli BL21(DE3). However, since the ...Proteins used in this study were derived from Escherichia coli BL21(DE3). However, since the sequence references were not available in UNIPROT at the time of data processing, all references were derived from Escherichia coli K12. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: The cytochrome c maturation complex CcmABCD / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.13 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.4388 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58617 / 対称性のタイプ: POINT |