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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vaf | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Rat NTCP complexed with YN69202Fab | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Hepatitis B virus (HBV) / host entry receptor / bile acid transporter / taurocholate / Na+-coupled symporter | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Recycling of bile acids and salts / bile acid:sodium symporter activity / bile acid transmembrane transporter activity / regulation of bile acid secretion / bile acid and bile salt transport / bile acid signaling pathway / response to nutrient levels / response to organic cyclic compound / cellular response to xenobiotic stimulus ...: / Recycling of bile acids and salts / bile acid:sodium symporter activity / bile acid transmembrane transporter activity / regulation of bile acid secretion / bile acid and bile salt transport / bile acid signaling pathway / response to nutrient levels / response to organic cyclic compound / cellular response to xenobiotic stimulus / regulation of gene expression / basolateral plasma membrane / response to ethanol / membrane => GO:0016020 / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å | |||||||||
データ登録者 | Asami, J. / Shimizu, T. / Ohto, U. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Structure of the bile acid transporter and HBV receptor NTCP. 著者: Jinta Asami / Kanako Terakado Kimura / Yoko Fujita-Fujiharu / Hanako Ishida / Zhikuan Zhang / Yayoi Nomura / Kehong Liu / Tomoko Uemura / Yumi Sato / Masatsugu Ono / Masaki Yamamoto / Takeshi ...著者: Jinta Asami / Kanako Terakado Kimura / Yoko Fujita-Fujiharu / Hanako Ishida / Zhikuan Zhang / Yayoi Nomura / Kehong Liu / Tomoko Uemura / Yumi Sato / Masatsugu Ono / Masaki Yamamoto / Takeshi Noda / Hideki Shigematsu / David Drew / So Iwata / Toshiyuki Shimizu / Norimichi Nomura / Umeharu Ohto / 要旨: Chronic infection with hepatitis B virus (HBV) affects more than 290 million people worldwide, is a major cause of cirrhosis and hepatocellular carcinoma, and results in an estimated 820,000 deaths ...Chronic infection with hepatitis B virus (HBV) affects more than 290 million people worldwide, is a major cause of cirrhosis and hepatocellular carcinoma, and results in an estimated 820,000 deaths annually. For HBV infection to be established, a molecular interaction is required between the large glycoproteins of the virus envelope (known as LHBs) and the host entry receptor sodium taurocholate co-transporting polypeptide (NTCP), a sodium-dependent bile acid transporter from the blood to hepatocytes. However, the molecular basis for the virus-transporter interaction is poorly understood. Here we report the cryo-electron microscopy structures of human, bovine and rat NTCPs in the apo state, which reveal the presence of a tunnel across the membrane and a possible transport route for the substrate. Moreover, the cryo-electron microscopy structure of human NTCP in the presence of the myristoylated preS1 domain of LHBs, together with mutation and transport assays, suggest a binding mode in which preS1 and the substrate compete for the extracellular opening of the tunnel in NTCP. Our preS1 domain interaction analysis enables a mechanistic interpretation of naturally occurring HBV-insusceptible mutations in human NTCP. Together, our findings provide a structural framework for HBV recognition and a mechanistic understanding of sodium-dependent bile acid translocation by mammalian NTCPs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vaf.cif.gz | 132.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vaf.ent.gz | 105.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vaf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7vaf_validation.pdf.gz | 737.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7vaf_full_validation.pdf.gz | 744 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7vaf_validation.xml.gz | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7vaf_validation.cif.gz | 37.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/7vaf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/7vaf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 31839MC 7vadC 7vaeC 7vagC 7wsiC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-11056 (タイトル: Structure of bile acid transporter NTCP / Data size: 8.6 TB Data #1: Raw movies for Human NTCP (Q261A) - YN69202Fab (EMD-31837, PDB 7VAD) [micrographs - multiframe] Data #2: Raw movies for Bovine NTCP (Q261A) - YN69202Fab (EMD-31838, PDB 7VAE) [micrographs - multiframe] Data #3: Raw movies for Rat NTCP (Q261A) - YN69202Fab (EMD-31839, PDB 7VAE) [micrographs - multiframe] Data #4: Raw movies for Human NTCP (Q261A) - YN69202Fab-myr-preS1 (EMD-31840, PDB 7VAF) [micrographs - multiframe] Data #5: Raw movies for Human NTCP (wildtype) - YN69202Fab (EMD-32759, PDB 7WSI) [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 26574.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 24323.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
#3: タンパク質 | 分子量: 38037.520 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q261A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: NTCP 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P26435 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 25 mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 0.15 M NaCl, and 0.01% GDN | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 61 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 142734 / 対称性のタイプ: POINT |